change - Cómo insertar el enlace cliqueable en pdf con R

text in r

Question

Guardo un diagrama generado con R con la función pdf() (ver a continuación). ¿Es posible agregar hipervínculos clicables a esta trama? Alternativas a pdf() son bienvenidas.

pdf(file="plot.pdf",width=20,height=50)
q <- ggplot(df, aes(x=reorder(desc,Value, FUN=median), y=Value))
q + geom_boxplot(aes(fill = factor(role)))+ coord_flip()
dev.off()

donde df$desc ve así:

[1] "http://www.jcvi.org/cgi-bin/tigrfams/HmmReportPage.cgi?acc=TIGR02914  #  EpsI_fam: EpsI family protein  # Role: 141"                                        
[2] "http://www.jcvi.org/cgi-bin/tigrfams/HmmReportPage.cgi?acc=TIGR03067  #  Planc_TIGR03067: Planctomycetes uncharacterized domain TIGR03067  # Role: 157"     
[3] "http://www.jcvi.org/cgi-bin/tigrfams/HmmReportPage.cgi?acc=TIGR03021  #  pilP_fam: type IV pilus biogenesis protein PilP  # Role: 91"   

En el pdf, no se puede hacer clic en el enlace.

Answer 1

Podrías hacer esto con Rsweave. Rsweave te permite llamar a R desde dentro de LaTeX.

Entonces un archivo de ejemplo usando mis propios datos inventados sería:

/documentclass{article}
/usepackage{hyperref}

/begin{document}
/SweaveOpts{concordance=TRUE}


<<echo=FALSE,fig=TRUE>>=
    library(ggplot2)
    q <- ggplot() + geom_point(data=data.frame(x = c(1,2,3,4),y=c(4,3,2,1)), aes(x=x,y=y))
    print(q)
@
/par{
    /url{http://google.com}
}

/end{document}

Y puedes compilar esto desde Rstudio. Sabrá qué hacer si el archivo tiene una extensión .rnw. Si está compilando desde R, puede usar el comando Sweave.