studio - superponer graficas en r

Imprimiendo múltiples gráficos gg en un solo pdf, múltiples gráficos por página

Question

Tengo una lista, p , donde cada elemento de p es una lista de objetos de trazado ggplot2.

Me gustaría mostrar un único pdf que contenga todas las gráficas en p , de manera que las gráficas en p[[1]] estén en la página 1, las gráficas en p[[2]] estén en la página 2, etc. ¿Qué puedo hacer? ¿esta?

Aquí hay un código de ejemplo para proporcionarle la estructura de datos con la que estoy trabajando: disculpas por las tramas aburridas, elegí variables al azar.

require(ggplot2)
p <- list()

cuts <- unique(diamonds$cut)
for(i in 1:length(cuts)){
    p[[i]] <- list()
    dat <- subset(diamonds, cut==cuts[i])
    p[[i]][[1]] <- ggplot(dat, aes(price,table)) + geom_point() + 
        opts(title=cuts[i])
    p[[i]][[2]] <- ggplot(dat, aes(price,depth)) + geom_point() + 
        opts(title=cuts[i])
}

Answer 1

Aquí hay una función basada en el enfoque de Sven, que incluye la documentación de roxygen2 y un ejemplo.

#'' Save list of ggplot2 objects to single pdf
#''
#'' @param list (list) List of ggplot2 objects.
#'' @param filename (chr) What to call the pdf.
#''
#'' @return Invisible NULL.
#'' @export
#''
#'' @examples
#'' #plot histogram of each numeric variable in iris
#'' list_iris = map(names(iris[-5]), ~ggplot(iris, aes_string(.)) + geom_histogram())
#'' #save to a single pdf
#'' GG_save_pdf(list_iris, "test.pdf")
GG_save_pdf = function(list, filename) {
  #start pdf
  pdf(filename)

  #loop
  for (p in list) {
    print(p)
  }

  #end pdf
  dev.off()

  invisible(NULL)
}

Answer 2

Aquí hay una solución, pero no me gusta particularmente:

ggsave("test.pdf", do.call("marrangeGrob", c(unlist(p,recursive=FALSE),nrow=2,ncol=1)))

El problema es que depende de que haya el mismo número de parcelas en cada grupo. Si all(sapply(p, length) == 2) fuera falso, entonces se rompería.

Answer 3

Aquí hay una versión más simple de la solución de Sven para los principiantes de la R que de otra manera usarían ciegamente las listas de do.call y anidadas que ni necesitan ni entienden. Tengo evidencia empírica. :)

library(ggplot2)
library(gridExtra)

pdf("plots.pdf", onefile = TRUE)
cuts <- unique(diamonds$cut)
for(i in 1:length(cuts)){
    dat <- subset(diamonds, cut==cuts[i])
    top.plot <- ggplot(dat, aes(price,table)) + geom_point() + 
        opts(title=cuts[i])
    bottom.plot <- ggplot(dat, aes(price,depth)) + geom_point() + 
        opts(title=cuts[i])
    grid.arrange(top.plot, bottom.plot)
}
dev.off()

Answer 4

Esta solución es independiente de si las longitudes de las listas en la lista p son diferentes.

library(gridExtra)

pdf("plots.pdf", onefile = TRUE)
for (i in seq(length(p))) {
  do.call("grid.arrange", p[[i]])  
}
dev.off()

Debido a que onefile = TRUE la función pdf guarda todos los gráficos que aparecen secuencialmente en el mismo archivo (una página para un gráfico).

Answer 5

He intentado algunas de estas soluciones pero sin éxito. Investigué un poco más y encontré una solución que funcionó perfectamente para mí. Guarda todos mis gráficos en un solo archivo pdf, cada gráfico en una página.

library(ggplot2)


pdf("allplots.pdf",onefile = TRUE)
for(i in glist){
   tplot <- ggplot(df, aes(x = as.factor(class), y = value))
   print(tplot)
}
dev.off()

Answer 6

Una buena solución sin el paquete gridExtra :

library(plyr)
library(ggplot2)

li = structure(p, class = c("gglist", "ggplot"))
print.gglist = function(x, ...) l_ply(x, print, ...)
ggsave(li, file = "test.pdf")