Ejemplo de trabajo simple de ddply() en paralelo en Windows

ddply package

Question

He estado buscando un ejemplo simple de uso de ddply () en paralelo. He instalado el paquete "foreach", pero cuando llamo a ddply (.parallel = TRUE) recibo una advertencia de que "No se ha registrado ningún back-end paralelo")

¿Puede alguien proporcionar un ejemplo simple de uso de ddply en paralelo?

Answer 1

¿Has registrado un backend paralelo a foreach ?

Es posible que deba leer sobre el uso de foreach antes de usarlo con plyr .

Answer 2

A. Me he estado comunicando con Hadley y no hay planes en el futuro inmediato para solucionar este error. La solución en sí puede ser intentada por cualquier persona. Aquí hay algunos consejos que recibí de Hadley:

"Es relativamente fácil en el nivel más simple: solo necesitas pasar un argumento .export para foreach. Lo ideal es que plyr descubra qué exportar automáticamente, pero mientras tanto, modifique .paralelo para obtener una lista de argumentos para foreach ( "en lugar de solo T / F) sería un gran paso. Comience con llply, y si puede hacer que eso funcione, es bastante trivial hacer que todas las demás funciones también funcionen".

B. Recomiendo altamente snow y doSNOW para que paralelo trabaje en Windows. Los otros backends paralelos: 1. no son compatibles con Windows 2. no funcionan en Windows de 64 bits 3. se supone que funcionan en Windows pero están demasiado buggy . snow / doSNOW fue la única solución que funcionó "fuera de la caja"

C. buena suerte!

Answer 3

Aquí hay un ejemplo de trabajo simple:

> df <- data.frame(val=1:10, ind=c(rep(2, 5), rep(3, 5)))
> library(doSNOW)
> registerDoSNOW(makeCluster(2, type = "SOCK"))
> system.time(print(ddply(df, .(ind), function(x) { Sys.sleep(2); sum(x) }, .parallel=FALSE)))
ind V1
1 2 25
2 3 55
user system elapsed
0.00 0.00 4.01
> system.time(print(ddply(df, .(ind), function(x) { Sys.sleep(2); sum(x) }, .parallel=TRUE)))
ind V1
1 2 25
2 3 55
user system elapsed
0.02 0.00 2.02 

Answer 4

En entornos Unix, puede hacer esto utilizando el paquete doMC y su función registerDoMC ()

> registerDoMC()
> example <- ddply(..., .parallel=TRUE)