Cómo capturar la salida del sistema()

stdout knitr

Question

Esta pregunta fue motivada por Rmarkdown y no generó resultados del comando del sistema al archivo html . Por alguna razón, la salida de system() en R (o system2() ) no puede ser capturada por sink() o capture.output() , por lo que actualmente no hay forma de que knitr registre la salida. Por ejemplo, en la consola R:

> system(''ls'')
DESCRIPTION
NAMESPACE
R
README.md
inst
man

pero en un documento knitr , no verá la salida, porque capture.output(system(''ls'')) es un character(0) , es decir, la salida no se puede capturar. Por supuesto que puedo hacer cat(system(''ls'', intern = TRUE), sep = ''/n'') como mencioné en la respuesta de esa pregunta, pero esto es un poco incómodo. Me pregunto si es una forma de capturar la salida del system() sin usar intern = TRUE y cat() .

Actualización : consulte https://github.com/yihui/knitr/issues/1203 para un truco que proporcioné para resolver el problema.

Answer 1

No creo que pueda hacer esto (al menos en sistemas * nix; no tengo un sistema Windows / Mac a mano) porque el system parece devolver de manera invisible el valor devuelto por el comando ejecutado, y R no parece redirigir la salida del comando a la consola R.

Esto se debe a que el stdout de su terminal no es el mismo que el de la consola R "stdout". Lo que se ve dentro de su sesión R es la combinación de la salida stdout del terminal y la salida del proceso R. capture.output está buscando la salida del proceso R, no todas las salidas a la salida stdout del proceso principal.

Puede iniciar un proceso que se imprime en la salida stdout , ponerlo en segundo plano, luego iniciar R ... y verá la salida de ese proceso en su "salida R", similar a si hubiera ejecutado el system("ping -c5 8.8.8.8") de R.

josh@computer: /home/josh
> ping -c5 8.8.8.8 & R
[1] 5808
PING 8.8.8.8 (8.8.8.8) 56(84) bytes of data.
64 bytes from 8.8.8.8: icmp_seq=1 ttl=46 time=39.9 ms

R version 3.2.4 Revised (2016-03-16 r70336) -- "Very Secure Dishes"
Copyright (C) 2016 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

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Type ''demo()'' for some demos, ''help()'' for on-line help, or
''help.start()'' for an HTML browser interface to help.
Type ''q()'' to quit R.

> 64 bytes from 8.8.8.8: icmp_seq=2 ttl=46 time=38.1 ms
64 bytes from 8.8.8.8: icmp_seq=3 ttl=46 time=38.3 ms
64 bytes from 8.8.8.8: icmp_seq=4 ttl=46 time=38.4 ms
64 bytes from 8.8.8.8: icmp_seq=5 ttl=46 time=38.3 ms

--- 8.8.8.8 ping statistics ---
5 packets transmitted, 5 received, 0% packet loss, time 4003ms
rtt min/avg/max/mdev = 38.176/38.656/39.986/0.703 ms

> q()
Save workspace image? [y/n/c]: n
[1]+  Done                    ping -c5 8.8.8.8

josh@computer: /home/josh
> 

Answer 2

Podría agregar una función knitr::system que knitr::system base::system . Los usuarios podrían trabajar con él como si fuera system::base , pero la salida puede ser capturada por capture.output :

system <- function(...) {
  stopifnot(!any(names(list(...)) %in% "intern"))
  result <- base::system(..., intern = TRUE)
  print(result)
}

Admito que esto es un tanto intrincado y, para ser sincero, no estoy seguro de los posibles efectos secundarios. Pero creo que podría valer la pena intentarlo.