pkg - ¿Cómo configurar R instalada con Conda para usar con RStudio?

r 3.5 2 pkg

Question

He estado tratando de configurar mi R usando conda (eventualmente para usar con Beaker Notebook) y quiero poder usar RStudio con mi versión de R instalada en Conda.

Mi método de instalar R :

conda install -c r r
conda install -c r r-essentials
conda install -c r r-rserve
conda install -c r r-devtools
conda install -c r r-rcurl
conda install -c r r-RJSONIO
conda install -c r r-jpeg
conda install -c r r-png
conda install -c r r-roxygen2
conda install --channel https://conda.anaconda.org/bioconda bioconductor-edger

Corrí esa versión de R (solo instalé esta versión)

> version
               _                           
platform       x86_64-apple-darwin11.0.0   
arch           x86_64                      
os             darwin11.0.0                
system         x86_64, darwin11.0.0        
status                                     
major          3                           
minor          3.1                         
year           2016                        
month          06                          
day            21                          
svn rev        70800                       
language       R                           
version.string R version 3.3.1 (2016-06-21)
nickname       Bug in Your Hair   

Correr R en Jupyter es una especie de buggy. Por ejemplo, cuando genera errores, envía a la salida stdout y divide todos los caracteres de la cadena con un salto de línea. Quiero usar RStudio pero no quiero instalar otra versión de R

¿Cómo puedo encaminar mi versión de conda de R a RStudio?

Aquí está mi .bash_profile no estoy seguro si esto será útil:

$ cat ~/.bash_profile
# added by Anaconda3 4.0.0 installer
export PATH="/Users/jespinoz/anaconda/bin:$PATH"

export RSTUDIO_WHICH_R=/Users/jespinoz/anaconda/bin/R 

He estado intentando seguir estos tutoriales pero estoy perdido. Realmente no estoy muy familiarizado con las variables de entorno y esas cosas.

(1) https://support.rstudio.com/hc/en-us/community/posts/207830688-Using-RStudio-with-conda

(2) Inicia mac eclipse con las variables de entorno establecidas.

cuando busqué mi R me dirigió a:

$ which R
/Users/jespinoz/anaconda/bin/R

pero las direcciones de (1) están usando este camino que es muy confuso:

/Users/jespinoz/anaconda/lib/R/bin/R

Intenté hacer lo que hizo este chico y agregué esto a mi .bash_profile pero no funcionó. Incluso hice un .bashrc pero aún no funcionó (obtuve ambos después de haber agregado las líneas)

export RSTUDIO_WHICH_R=/Users/jespinoz/anaconda/bin/R

Cómo decirle a RStudio que use la versión R de Anaconda

Desafortunadamente, anaconda no tiene tutorial para esto en https://docs.continuum.io/anaconda/ide_integration

Answer 1

Actualización: AÑADIR ESTO A ~/.bash_profile !

export RSTUDIO_WHICH_R="/Users/jespinoz/anaconda/bin/R"
launchctl setenv RSTUDIO_WHICH_R $RSTUDIO_WHICH_R

Créditos a @ Z-Shiyi para la última línea https://github.com/conda/conda/issues/3316#issuecomment-241246755

Una adición a lo que dijo @Ray Donnelly arriba. Básicamente, debe ejecutarse desde el entorno correcto (es decir, ejecutarlo desde el terminal).

Tu también puedes:

(A) Ponga esto en su ~/.bash_profile export RSTUDIO_WHICH_R=/Users/[yourusername]/anaconda/bin/R (si está usando conda pero podría poner cualquier ruta R )

(B) luego escriba esto en el terminal después de que se haya obtenido (reinicie el terminal o haga una source .bash_profile ): open -a RStudio Eso debería funcionar.

o puedes hacer lo que hice

(A) abre el automatizador (perdón si no estás en un mac; esto solo funcionará en mac)

(B) utiliza un Run Shell Script

(C) luego elimine el cat que ya está allí y póngalo en: export RSTUDIO_WHICH_R=/Users/[yourusername]/anaconda/bin/R open -a RStudio

(D) run_rstudio.app como algo como run_rstudio.app , simplemente ejecute eso y debería funcionar:

Answer 2

Actualización: La distribución de Anaconda ahora tiene paquetes para RStudio, por lo que debería poder usar eso y no tener que saltar por ningún problema. También puedes instalarlo directamente en el navegador Anaconda.

Answer 3

Siempre which R muestre un intérprete R en funcionamiento (lo que debería hacer si ha instalado el paquete r desde conda y ha activado su entorno), el inicio de rstudio desde ese mismo entorno debería continuar sin problemas.

Para una prueba, en ArchLinux , construí e instalé: https://aur.archlinux.org/packages/rstudio-desktop-git/

.. Luego, la fuerza eliminó el intérprete R ( pacman -Rdd r ), luego instalé r desde conda ( conda install -crr ) y funcionó bien. Luego cerré mi terminal y abrí una nueva (de modo que no se activó el entorno correcto de conda y conda RStudio con éxito con el siguiente comando: RSTUDIO_WHICH_R=/home/ray/r_3_3_1-x64-3.5/bin/R rstudio

Creo que la clave es lanzar RStudio desde el entorno adecuado? Tu ~/.bash_profile y ~/.bashrc solo se obtienen cuando ejecutas bash . Para que las variables de entorno se configuren de modo que su entorno de escritorio las conozca, en Linux, debe ponerlas en ~/.profile o también en /etc/pam.d (es posible que deba cerrar la sesión o apagarse después de realizar esos cambios) y en OS X, debe consultar https://apple.stackexchange.com/q/57385

Answer 4

Ver https://anaconda.org/r/rstudio :

$ conda install -c r rstudio

Luego desde la línea de comando:

$ rstudio

(Así es como lo instalé y funciona.)