functions - Incrustar Python en MATLAB

python numpy array example

Question

Estoy tratando de incrustar Python 2.6 en MATLAB (7.12). Quería incrustar con un archivo mex escrito en C. Esto funcionó bien para pequeños ejemplos simples usando escalares. Sin embargo, si Numpy (1.6.1) se importa de todos modos, MATLAB se bloquea. Lo digo de todos modos porque he intentado varias formas de cargar las bibliotecas numpy incluyendo

1. En el módulo python (.py):

   from numpy import *

2. Con PyRun_SimpleString en el archivo mex:

   PyRun_SimpleString(“from numpy import *”);

3. Llamar a las funciones Py_oBject_CallObject con Py_oBject_CallObject :

   pOut  = PyObject_CallObject(pFunc, pArgs); 

Originalmente, pensé que esto podría ser un problema con la incrustación de Numpy en C. Sin embargo, Numpy funciona bien cuando está incrustado en simples archivos C que se compilan desde la línea de comandos con el modificador / MD (multithread) con el compilador Visual Studios 2005 C. Luego, pensé que simplemente cambiaría el archivo Make en MATLAB para incluir el modificador / MD. No hay tanta suerte, mexopts.bat compila con el modificador / MD. También comenté manualmente las líneas en el módulo de inicio de Numpy para encontrar lo que estaba fallando MATLAB. Parece que cargar cualquier archivo con la extensión pyd bloquea MATLAB. El primero de dichos archivos cargados en NumPy es multiarray.pyd. La documentación de MATLAB describe cómo depurar archivos mex con estudios visuales, lo cual hice y coloqué el mensaje de error a continuación. En este momento, sé que el problema es un problema de memoria con los pyd y algunos conflictos con MATLAB. Curiosamente, puedo usar un comando del sistema en MATLAB para iniciar un proceso en Python que usa numpy y no se genera ningún error. Pegaré debajo del mensaje de error de MATLAB seguido de la salida DEBUG en estudios visuales de los procesos que bloquean MATLAB. Sin embargo, no estoy pegando todo porque la lista de excepciones de primera oportunidad es muy larga. ¿Hay alguna sugerencia para resolver este problema de integración?

MATLAB error
Matlab has encountered an internal problem and needs to close 
MATLAB crash file:C:/Users/pml355/AppData/Local/Temp/matlab_crash_dump.3484-1:


------------------------------------------------------------------------
       Segmentation violation detected at Tue Oct 18 12:19:03 2011
------------------------------------------------------------------------

Configuration:
  Crash Decoding  : Disabled
  Default Encoding: windows-1252
  MATLAB License  : 163857
  MATLAB Root     : C:/Program Files/MATLAB/R2011a
  MATLAB Version  : 7.12.0.635 (R2011a)
  Operating System: Microsoft Windows 7
  Processor ID    : x86 Family 6 Model 7 Stepping 10, GenuineIntel
  Virtual Machine : Java 1.6.0_17-b04 with Sun Microsystems Inc. Java HotSpot(TM) Client VM mixed mode
  Window System   : Version 6.1 (Build 7600)

Fault Count: 1

Abnormal termination:
Segmentation violation

Register State (from fault):
  EAX = 00000001  EBX = 69c38c20
  ECX = 00000001  EDX = 24ae1da8
  ESP = 0088af0c  EBP = 0088af44
  ESI = 69c38c20  EDI = 24ae1da0

  EIP = 69b93d31  EFL = 00010202

   CS = 0000001b   DS = 00000023   SS = 00000023
   ES = 00000023   FS = 0000003b   GS = 00000000


Stack Trace (from fault):
[  0] 0x69b93d31 C:/Python26/Lib/site-packages/numpy/core/multiarray.pyd+00081201 ( ???+000000 )
[  1] 0x69bfead4 C:/Python26/Lib/site-packages/numpy/core/multiarray.pyd+00518868 ( ???+000000 )
[  2] 0x69c08039 C:/Python26/Lib/site-packages/numpy/core/multiarray.pyd+00557113 ( ???+000000 )
[  3] 0x08692b09                           C:/Python26/python26.dll+00076553 ( PyEval_EvalFrameEx+007833 )
[  4] 0x08690adf                           C:/Python26/python26.dll+00068319 ( PyEval_EvalCodeEx+002255 )



This error was detected while a MEX-file was running. If the MEX-file
is not an official MathWorks function, please examine its source code
for errors. Please consult the External Interfaces Guide for information
on debugging MEX-files.

If this problem is reproducible, please submit a Service Request via:
    http://www.mathworks.com/support/contact_us/

A technical support engineer might contact you with further information.

Thank you for your help. 

Salida de Visual Studios DEBUGGER

First-chance exception at 0x0c12c128 in MATLAB.exe: 0xC0000005: Access violation reading location 0x00000004.
First-chance exception at 0x0c12c128 in MATLAB.exe: 0xC0000005: Access violation reading location 0x00000004.
First-chance exception at 0x0c12c128 in MATLAB.exe: 0xC0000005: Access violation reading location 0x00000004.
First-chance exception at 0x751d9673 in MATLAB.exe: Microsoft C++ exception: jitCgFailedException at memory location 0x00c3e210..
First-chance exception at 0x751d9673 in MATLAB.exe: Microsoft C++ exception: jitCgFailedException at memory location 0x00c3e400..
First-chance exception at 0x69b93d31 in MATLAB.exe: 0xC0000005: Access violation writing location 0x00000001.
> throw_segv_longjmp_seh_filter()
throw_segv_longjmp_seh_filter(): invoking THROW_SEGV_LONGJMP SEH filter
> mnUnhandledWindowsExceptionFilter()
MATLAB.exe has triggered a breakpoint

Answer 1

Con matlab 2014b, se agregó la posibilidad de llamar directamente a funciones python en m código.

Answer 2

Trate de abordar el problema desde el lado de Python: Python es un gran lenguaje de pegamento, le sugiero que Python ejecute sus programas Matlab y C. Python tiene:

1. Numpy
2. PyLab
3. Matplotlib
4. IPython

Por lo tanto, la combinación es una buena alternativa para casi cualquier módulo Matlab existente.