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no hay definición de función global visible para ''mediana''

Question

Desde la última actualización de R, recibo la nota

summary.xmlImport: no hay definición de función global visible para ''mediana''

en el cheque CRAN. Las notas adicionales se refieren a la read.table de read.table , la write.table y otras funciones estándar en R.

Cuando echo un vistazo a mi archivo summary.xmlImport, el archivo se ve así:

summary.xmlImport <- function(object, ...){
rowCount <- sapply(object,nrow)
cat("Summary of xmlImport object/n")
cat("---------------------------/n")
cat("Sequences :",length(object),"/n")
cat("Min hits :",min(rowCount),"/n")
cat("Average hits :",mean(rowCount),"/n")
cat("Median hits :",median(rowCount),"/n")
cat("Max hits :",max(rowCount),"/n")
invisible(object)
}

No puedo entender, por qué debería agregar ahora la función de median a NAMESPACE, pero por qué no el min , la mean , etc. La nota es solo sobre la función de median .

¿Alguien tiene una idea de cuál es el motivo de la Nota y cómo solucionarlo? Noté que hay toneladas de paquetes R que tienen actualmente la misma nota.

¿Puedo entender esta advertencia en el contexto de una variable no declarada, pero supongo que median() , read.table() y esas funciones son visibles globalmente en R, especialmente como mean() parece ser?

EDITAR: Solo recibí la Nota sobre CRAN, pero no en mi computadora local, lo que hace que la búsqueda de la solución sea un poco desagradable ... La información de la sesión de mi computadora:

> sessionInfo()
R version 3.2.1 (2015-06-18)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 14.04.2 LTS

Answer 1

A partir del lunes 29 de junio de 2015 , todas las funciones que no sean de base deben exportarse explícitamente en NAMESPACE para pasar la R CMD check --as-cran . El cambio se produce porque el código ahora se verifica solo con el paquete base adjunto, por lo que las funciones de los paquetes predeterminados (como las estadísticas ) deben enumerarse explícitamente.

Para importar estos paquetes, considere hacer lo siguiente:

• En DESCRIPTION, probablemente desee Imports en Imports . Hay muy pocas razones para incluir un paquete en Depends .
• En NAMESPACE, puede elegir entre import(stats) o importFrom(stats, ...) , donde ... es uno o más nombres de funciones separados por comas. (Si usa roxygen2::roxygenize() o devtools::document() para generar documentación y NAMESPACE, el marcado análogo sería #'' @import stats and #'' @importFrom stats ... ).

Si desea trabajar interactivamente con R en un modo que imita esto , querrá iniciar R con solo el paquete base adjunto. Hay varias formas de hacerlo , pero probablemente la más fácil es establecer una variable de entorno en su shell: R_DEFAULT_PACKAGES=NULL o en el archivo .Renviron y luego iniciar R usando R --vanilla . En Terminal o bash esto sería:

$ export R_DEFAULT_PACKAGES=NULL
$ R --quiet --vanilla
> search()
[1] ".GlobalEnv" "Autoloads" "package:base"

En el símbolo del sistema de Windows sería:

C:/>SET R_DEFAULT_PACKAGES=NULL
C:/>R --quiet --vanilla
> search()
[1] ".GlobalEnv" "Autoloads" "package:base"