spline cubico python

Error de memoria spline cúbico

Question

En una computadora con 4 GB de memoria, esta simple interpolación conduce a un error de memoria:

(basado en: http://docs.scipy.org/doc/scipy/reference/tutorial/interpolate.html )

import numpy as np
from scipy.interpolate import interp1d

x = np.linspace(0, 10, 80000)
y = np.cos(-x**2/8.0)
f2 = interp1d(x, y, kind=''cubic'')

Pensé en cortar los datos en fragmentos, pero ¿hay alguna forma de que pueda realizar esta interpolación spline cúbica sin requerir tanta memoria? ¿Por qué incluso se mete en problemas?

Answer 1

Si observa el rastreo cuando ocurre el error, verá algo como:

---------------------------------------------------------------------------
MemoryError                               Traceback (most recent call last)
<ipython-input-4-1e538e8d766e> in <module>()
----> 1 f2 = interp1d(x, y, kind=''cubic'')

/home/warren/local_scipy/lib/python2.7/site-packages/scipy/interpolate/interpolate.py in __init__(self, x, y, kind, axis, copy, bounds_error, fill_value)
    390         else:
    391             minval = order + 1
--> 392             self._spline = splmake(x, y, order=order)
    393             self._call = self.__class__._call_spline
    394 

/home/warren/local_scipy/lib/python2.7/site-packages/scipy/interpolate/interpolate.py in splmake(xk, yk, order, kind, conds)
   1754 
   1755     # the constraint matrix
-> 1756     B = _fitpack._bsplmat(order, xk)
   1757     coefs = func(xk, yk, order, conds, B)
   1758     return xk, coefs, order

MemoryError: 

La función que está fallando es scipy.interpolate._fitpack._bsplmat(order, xk) . Esta función crea una matriz bidimensional de flotantes de 64 bits con forma (len(xk), len(xk) + order - 1) . En tu caso, esto es más de 51 GB.

En lugar de interp1d , vea si InterpolatedUnivariateSpline funciona para usted. Por ejemplo,

import numpy as np
from scipy.interpolate import InterpolatedUnivariateSpline

x = np.linspace(0, 10, 80000)
y = np.cos(-x**2/8.0)
f2 = InterpolatedUnivariateSpline(x, y, k=3)

No consigo un error de memoria con esto.