spline cubico python

Error de memoria spline cúbico

Question

En una computadora con 4 GB de memoria, esta simple interpolación conduce a un error de memoria:

(basado en: http://docs.scipy.org/doc/scipy/reference/tutorial/interpolate.html )

import numpy as np
from scipy.interpolate import interp1d
x = np.linspace(0, 10, 80000)
y = np.cos(-x**2/8.0)
f2 = interp1d(x, y, kind=''cubic'')

Pensé en cortar los datos en fragmentos, pero ¿hay alguna forma de que pueda realizar esta interpolación spline cúbica sin requerir tanta memoria? ¿Por qué incluso se mete en problemas?

Answer 1

Si observa el rastreo cuando ocurre el error, verá algo como:

---------------------------------------------------------------------------
MemoryError Traceback (most recent call last)
<ipython-input-4-1e538e8d766e> in <module>()
----> 1 f2 = interp1d(x, y, kind=''cubic'')
/home/warren/local_scipy/lib/python2.7/site-packages/scipy/interpolate/interpolate.py in __init__(self, x, y, kind, axis, copy, bounds_error, fill_value)
390 else:
391 minval = order + 1
--> 392 self._spline = splmake(x, y, order=order)
393 self._call = self.__class__._call_spline
394
/home/warren/local_scipy/lib/python2.7/site-packages/scipy/interpolate/interpolate.py in splmake(xk, yk, order, kind, conds)
1754
1755 # the constraint matrix
-> 1756 B = _fitpack._bsplmat(order, xk)
1757 coefs = func(xk, yk, order, conds, B)
1758 return xk, coefs, order
MemoryError: 

La función que está fallando es scipy.interpolate._fitpack._bsplmat(order, xk) . Esta función crea una matriz bidimensional de flotantes de 64 bits con forma (len(xk), len(xk) + order - 1) . En tu caso, esto es más de 51 GB.

En lugar de interp1d , vea si InterpolatedUnivariateSpline funciona para usted. Por ejemplo,

import numpy as np
from scipy.interpolate import InterpolatedUnivariateSpline
x = np.linspace(0, 10, 80000)
y = np.cos(-x**2/8.0)
f2 = InterpolatedUnivariateSpline(x, y, k=3)

No consigo un error de memoria con esto.