sirven - NOTA en R CRAN Check: no hay conjunto de repositorios, por lo que se omite la verificación de dependencia cíclica

que es un paquete r

Question

A partir de R 3.1.0 obtengo el siguiente control R:

* checking package dependencies ... NOTE
  No repository set, so cyclic dependency check skipped

Intenté este consejo: https://twitter.com/phylorich/status/431911660698083328

No vayas. Puse las options(repos="http://cran.rstudio.com/") línea options(repos="http://cran.rstudio.com/") en un .Rprofile en el directorio raíz del paquete. Aún así, obtén la Nota.

También la sección 1.3.1 de Writing R Extensions declara:

Some Windows users may need to set environment variable R_WIN_NO_JUNCTIONS 
to a non-empty value. The test of cyclic declarations33in DESCRIPTION 
files needs repositories (including CRAN) set: do this in ~/.Rprofile.

¿Es posiblemente un resultado de la set environment variable R_WIN_NO_JUNCTIONS ? Si es así, ¿cómo puedo hacer esto? ¿Alguna otra causa posible de la nota o las soluciones sugeridas?

Answer 1

La respuesta anterior solo funciona para Linux. En Windows tuve que usar un método diferente. Cuando intenté construir y comprobar mi nuevo paquete en R 3.2.0 en Windows 7, recibí el mismo error:

checking package dependencies ... NOTE
No repository set, so cyclic dependency check skipped

Traté de crear un archivo .Rprofile en el directorio raíz de mi nuevo paquete, pero eso no funcionó. En cambio, tuve que ir a:

C:/Program Files/R/R-3.2.0/etc

y edita el archivo:

Rprofile.site

En el archivo Rprofile.site agregué la línea sugerida:

options(repos = c(CRAN="http://cran.r-project.org"))

Después de editar el archivo Rprofile.site, la NOTA "Sin repositorio establecido, por lo que la comprobación de dependencia cíclica omitida" finalmente desapareció.

Answer 2

Desde extensiones de escritura R

La prueba de las declaraciones cíclicas en los archivos de DESCRIPCIÓN necesita un conjunto de repositorios (incluido CRAN): haga esto en ~ / .Rprofile, por ejemplo,

options(repos = c(CRAN="http://cran.r-project.org"))

Recomendado

El usuario debe verificar si su .Rprofile está en su casa y que contiene la opción mencionada.

# in R session (any platform)
# where is my profile?
file.path(Sys.glob("~"),".Rprofile")
# is it there?
file.exists(file.path(Sys.glob("~"),".Rprofile"))

O desde la sesión R usando un paquete adicional:

library(pathological)
r_profile()

El usuario debe verificar si la entrada de la opción no está anidada en la condición IF, como en el siguiente código:

# this will not help for R CMD check --as-cran
if(interactive()) {
options(repos = c(CRAN="http://cran.r-project.org"))
}

Sequía para cualquier plataforma

Aquí está el guión R que prepara un caso temporal fácil de paquete R para probar, lo que ayuda a encontrar más rápidamente lo que está fallando en su uso local. Este enfoque me ayudó a localizar lo que estaba mal en mi archivo .Rprofile y generalmente puede ayudar a configurar el estado inicial de trabajo. En el mejor de los casos, la ejecución de comprobación debería mostrar solo 1 NOTA sobre la nueva presentación.

1. primero copie / pegue el código y proceda de su sesión R (--vanilla preferiblemente)
2. luego ejecute el comando impreso por el script para verificar el caso de prueba --as-cran.

Ejemplo

# for example
R --vanilla -f makePackage.R
# here the resulting package path is as below
R --no-site-file CMD check --as-cran /tmp/pkgtest
# now see the check log

Si su .Rprofile no existe, se creará y se colocará una nueva línea al final del archivo en cualquier caso.

El script makePackage.R

# makePackage.R
# makes simple package for playing with check --as-cran

# copy this content to file makePackage.R
# then source it into your R --vanilla session

name <- "pkgtest"

#
# prepare and adjust package template
#

tempbase <- dirname(tempdir())
e <- new.env()
path <- dirname(tempdir())

# make simple package in path
e$fu <-  function(){"Hello"}
package.skeleton(name=name,force=T,path=path,environment=e)
nil <- file.remove(
    file.path(path,name,''Read-and-delete-me''),
    file.path(path,name,''man'',paste0(name,''-package.Rd''))
    )

# adjust DESCRIPTION
D <- readLines(file.path(path,name,"DESCRIPTION"))
D[grepl("^Title: ",D)] <- "Title: Testing Skeleton"
D[grepl("^Author: ",D)] <- "Author: John Doe"
D[grepl("^Description: ",D)] <- "Description: Checking --as-cran check."
D[grepl("^Maintainer: ",D)] <- "Maintainer: John Doe <[email protected]>"
D[grepl("^License: ",D)] <- "License: GPL (>= 2)"
write(D,file.path(path,name,"DESCRIPTION"))

# make fu.Rd
write(
"//name{fu}//alias{fu}//title{Prints}//description{Prints}
//usage{fu()}//examples{fu()}",
file.path(path,name,''man'',''fu.Rd''))

#
# ensure that .Rprofile contains repos option 
# add fresh new line et the end of .Rprofile
# 

userRp <- file.path(Sys.glob("~"),".Rprofile")
write("options(repos = c(CRAN=''http://cran.r-project.org''))",file=userRp, append=TRUE)

#
# print final message
#

msg <- sprintf("
Your test package was created in %s,
under name %s,
your user .Rprofile in %s was modified (option repos),
now check this test package from command line by command:

R --no-site-file CMD check --as-cran %s
", path, name,  userRp, file.path(path,name) 
)

# now is time to check the skeleton
message(msg)

Verificando el paquete

# replace package-path by the path adviced by the sourcing the script above
R --no-site-file CMD check --as-cran package-path

Hay un perfil de usuario y un perfil de sitio, en el enfoque anterior elude el perfil del sitio (en el segundo paso) utilizando la --no-site-file para la opción de esqueleto del paquete.

Errores de PDF

Puede experimentar errores relacionados con el PDF y el látex, causados ​​muy probablemente por la falta o la completa instalación del látex. Se puede usar la --no-manual para omitir las pruebas de PDF.

R --no-site-file CMD check --no-manual --as-cran /tmp/pkgtest