handling - Saltarse el error en for-loop

r if error skip

Question

Estoy haciendo un ciclo for para generar 180 gráficos para mi matriz 6000 X 180 (1 gráfico por columna), algunos de los datos no se ajustan a mis criterios y me aparece el siguiente error:

"Error in cut.default(x, breaks = bigbreak, include.lowest = T) 
''breaks'' are not unique". 

Estoy de acuerdo con el error, quiero que el programa continúe ejecutando el ciclo for, y me proporcione una lista de las columnas que hicieron este error (como una variable que contenga los nombres de las columnas ¿quizás?).

Aquí está mi comando:

for (v in 2:180){
    mypath=file.path("C:", "file1", (paste("graph",names(mydata[columnname]), ".pdf", sep="-")))
    pdf(file=mypath)
    mytitle = paste("anything")
    myplotfunction(mydata[,columnnumber]) ## this function is defined previously in the program
    dev.off()
}

Nota: he encontrado numerosas publicaciones sobre tryCatch y ninguna de ellas me ha funcionado (o al menos no pude aplicar la función correctamente). El archivo de ayuda tampoco fue muy útil.

La ayuda sería apreciada Gracias.

Answer 1

En lugar de detectar el error, ¿no sería posible probar myplotfunction() o antes la función myplotfunction() si el error ocurrirá (es decir, si los cortes son únicos) y solo trazarlo para aquellos casos en que no aparezca? !

Answer 2

Una forma (sucia) de hacerlo es usar tryCatch con una función vacía para el manejo de errores. Por ejemplo, el siguiente código genera un error y rompe el ciclo:

for (i in 1:10) {
    print(i)
    if (i==7) stop("Urgh, the iphone is in the blender !")
}

[1] 1
[1] 2
[1] 3
[1] 4
[1] 5
[1] 6
[1] 7
Erreur : Urgh, the iphone is in the blender !

Pero puede ajustar sus instrucciones en un tryCatch con una función de manejo de errores que no hace nada, por ejemplo:

for (i in 1:10) {
  tryCatch({
    print(i)
    if (i==7) stop("Urgh, the iphone is in the blender !")
  }, error=function(e){})
}

[1] 1
[1] 2
[1] 3
[1] 4
[1] 5
[1] 6
[1] 7
[1] 8
[1] 9
[1] 10

Pero creo que al menos debería imprimir el mensaje de error para saber si algo malo sucedió al permitir que su código continúe ejecutándose:

for (i in 1:10) {
  tryCatch({
    print(i)
    if (i==7) stop("Urgh, the iphone is in the blender !")
  }, error=function(e){cat("ERROR :",conditionMessage(e), "/n")})
}

[1] 1
[1] 2
[1] 3
[1] 4
[1] 5
[1] 6
[1] 7
ERROR : Urgh, the iphone is in the blender ! 
[1] 8
[1] 9
[1] 10

EDITAR: Entonces aplicar tryCatch en su caso sería algo así como:

for (v in 2:180){
    tryCatch({
        mypath=file.path("C:", "file1", (paste("graph",names(mydata[columnname]), ".pdf", sep="-")))
        pdf(file=mypath)
        mytitle = paste("anything")
        myplotfunction(mydata[,columnnumber]) ## this function is defined previously in the program
        dev.off()
    }, error=function(e){cat("ERROR :",conditionMessage(e), "/n")})
}