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varias - División de violín con ggplot2



varias graficas en r ggplot (2)

O, para evitar jugar con las densidades, puede extender ggplot2 de ggplot2 de esta manera:

GeomSplitViolin <- ggproto("GeomSplitViolin", GeomViolin, draw_group = function(self, data, ..., draw_quantiles = NULL) { data <- transform(data, xminv = x - violinwidth * (x - xmin), xmaxv = x + violinwidth * (xmax - x)) grp <- data[1, "group"] newdata <- plyr::arrange(transform(data, x = if (grp %% 2 == 1) xminv else xmaxv), if (grp %% 2 == 1) y else -y) newdata <- rbind(newdata[1, ], newdata, newdata[nrow(newdata), ], newdata[1, ]) newdata[c(1, nrow(newdata) - 1, nrow(newdata)), "x"] <- round(newdata[1, "x"]) if (length(draw_quantiles) > 0 & !scales::zero_range(range(data$y))) { stopifnot(all(draw_quantiles >= 0), all(draw_quantiles <= 1)) quantiles <- ggplot2:::create_quantile_segment_frame(data, draw_quantiles) aesthetics <- data[rep(1, nrow(quantiles)), setdiff(names(data), c("x", "y")), drop = FALSE] aesthetics$alpha <- rep(1, nrow(quantiles)) both <- cbind(quantiles, aesthetics) quantile_grob <- GeomPath$draw_panel(both, ...) ggplot2:::ggname("geom_split_violin", grid::grobTree(GeomPolygon$draw_panel(newdata, ...), quantile_grob)) } else { ggplot2:::ggname("geom_split_violin", GeomPolygon$draw_panel(newdata, ...)) } }) geom_split_violin <- function(mapping = NULL, data = NULL, stat = "ydensity", position = "identity", ..., draw_quantiles = NULL, trim = TRUE, scale = "area", na.rm = FALSE, show.legend = NA, inherit.aes = TRUE) { layer(data = data, mapping = mapping, stat = stat, geom = GeomSplitViolin, position = position, show.legend = show.legend, inherit.aes = inherit.aes, params = list(trim = trim, scale = scale, draw_quantiles = draw_quantiles, na.rm = na.rm, ...)) }

Y use el nuevo geom_split_violin esta manera:

ggplot(my_data, aes(x, y, fill = m)) + geom_split_violin()

Me gustaría crear un diagrama de densidad de violín dividido usando ggplot, como el cuarto ejemplo en esta página de la documentación naval.

Aquí hay algunos datos:

set.seed(20160229) my_data = data.frame( y=c(rnorm(1000), rnorm(1000, 0.5), rnorm(1000, 1), rnorm(1000, 1.5)), x=c(rep(''a'', 2000), rep(''b'', 2000)), m=c(rep(''i'', 1000), rep(''j'', 2000), rep(''i'', 1000)) )

Puedo trazar violines esquivados como este:

library(''ggplot2'') ggplot(my_data, aes(x, y, fill=m)) + geom_violin()

Pero es difícil comparar visualmente los anchos en diferentes puntos de las distribuciones de lado a lado. No he podido encontrar ningún ejemplo de violines divididos en ggplot, ¿es posible?

Encontré una solución de gráficos R base, pero la función es bastante larga y quiero resaltar los modos de distribución, que son fáciles de agregar como capas adicionales en ggplot pero serán más difíciles de hacer si necesito descubrir cómo editar esa función.


Nota : Creo que la respuesta de jan-glx es mucho mejor, y la mayoría de la gente debería usar eso en su lugar.

Puede lograr esto calculando las densidades usted mismo de antemano y luego trazando polígonos. Vea a continuación una idea aproximada.

Obtener densidades

library(dplyr) pdat <- my_data %>% group_by(x, m) %>% do(data.frame(loc = density(.$y)$x, dens = density(.$y)$y))

Voltear y compensar densidades para los grupos

pdat$dens <- ifelse(pdat$m == ''i'', pdat$dens * -1, pdat$dens) pdat$dens <- ifelse(pdat$x == ''b'', pdat$dens + 1, pdat$dens)

Trama

ggplot(pdat, aes(dens, loc, fill = m, group = interaction(m, x))) + geom_polygon() + scale_x_continuous(breaks = 0:1, labels = c(''a'', ''b'')) + ylab(''density'') + theme_minimal() + theme(axis.title.x = element_blank())

Resultado