studio - Agregue barras de error para mostrar la desviación estándar en un diagrama en R

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Question

Para cada valor X calculé el valor Y medio y la desviación estándar ( sd ) de cada valor Y.

x = 1:5
y = c(1.1, 1.5, 2.9, 3.8, 5.2)
sd = c(0.1, 0.3, 0.2, 0.2, 0.4)
plot (x, y)

¿Cómo puedo usar la desviación estándar para agregar barras de error a cada punto de datos de mi diagrama?

Answer 1

Además de la respuesta de @csgillespie, los segments también se vectorizan para ayudar con este tipo de cosas:

plot (x, y, ylim=c(0,6))
segments(x,y-sd,x,y+sd)
epsilon <- 0.02
segments(x-epsilon,y-sd,x+epsilon,y-sd)
segments(x-epsilon,y+sd,x+epsilon,y+sd)

Answer 2

Aparece un problema con la solución csgillespie, cuando tiene un eje X logarítmico. Tendrás una longitud diferente de barras pequeñas a la derecha y a la izquierda (el épsilon sigue los valores de x).

Debería utilizar mejor la función Hmisc paquete Hmisc :

d = data.frame(
x = c(1:5)
, y = c(1.1, 1.5, 2.9, 3.8, 5.2)
, sd = c(0.2, 0.3, 0.2, 0.0, 0.4)
)
##install.packages("Hmisc", dependencies=T)
library("Hmisc")
# add error bars (without adjusting yrange)
plot(d$x, d$y, type="n")
with (
data = d
, expr = errbar(x, y, y+sd, y-sd, add=T, pch=1, cap=.1)
)
# new plot (adjusts Yrange automatically)
with (
data = d
, expr = errbar(x, y, y+sd, y-sd, add=F, pch=1, cap=.015, log="x")
)

Answer 3

Puede usar segments para agregar las barras en gráficos base. Aquí epsilon controla la línea en la parte superior e inferior de la línea.

plot (x, y, ylim=c(0, 6))
epsilon = 0.02
for(i in 1:5) {
up = y[i] + sd[i]
low = y[i] - sd[i]
segments(x[i],low , x[i], up)
segments(x[i]-epsilon, up , x[i]+epsilon, up)
segments(x[i]-epsilon, low , x[i]+epsilon, low)
}

Como señala @thelatemail, realmente debería haber usado llamadas a funciones vectorizadas:

segments(x, y-sd,x, y+sd)
epsilon = 0.02
segments(x-epsilon,y-sd,x+epsilon,y-sd)
segments(x-epsilon,y+sd,x+epsilon,y+sd)

Answer 4

Puedes usar arrows :

arrows(x,y-sd,x,y+sd, code=3, length=0.02, angle = 90)

Answer 5

Una solución con ggplot2 :

qplot(x,y)+geom_errorbar(aes(x=x, ymin=y-sd, ymax=y+sd), width=0.25)