java - example - interpretando la salida jstack

jstack linux

Question

Tengo un proceso de Java cargando una gran cantidad de datos de un grupo de archivos .csv en una base de datos Neo4j utilizando el BatchInserter . Estaba usando:

• OpenJDK 7
• Ubuntu 12.04
• Neo4j 2.0 M3

Después de cargar los primeros 164 GB (de acuerdo con ls -lh ) el tamaño de la carpeta dejó de aumentar pero el proceso siguió funcionando, no se lanzó memoria y la CPU todavía estaba al 100% (todo según htop ).

El proceso de carga es de un solo hilo, solo que la JVM usa más de 1 hilo, supongo que por el ParallelGC .

No estoy seguro de cómo diagnosticar este tipo de problema, pero se me indicó que probara jstack , por lo que he incluido su resultado a continuación.

¿Alguien tiene una idea de lo que salió mal o tiene sugerencias sobre cómo puedo diagnosticar esto?

Full thread dump OpenJDK 64-Bit Server VM (22.0-b10 mixed mode):

"Attach Listener" daemon prio=10 tid=0x00007fc3a4001000 nid=0x5636 runnable [0x0000000000000000]
   java.lang.Thread.State: RUNNABLE

"Service Thread" daemon prio=10 tid=0x00007fcf58123000 nid=0x4545 runnable [0x0000000000000000]
   java.lang.Thread.State: RUNNABLE

"C2 CompilerThread1" daemon prio=10 tid=0x00007fcf58120800 nid=0x4544 waiting on condition [0x0000000000000000]
   java.lang.Thread.State: RUNNABLE

"C2 CompilerThread0" daemon prio=10 tid=0x00007fcf5811d800 nid=0x4543 waiting on condition [0x0000000000000000]
   java.lang.Thread.State: RUNNABLE

"Signal Dispatcher" daemon prio=10 tid=0x00007fcf5811b800 nid=0x4542 waiting on condition [0x0000000000000000]
   java.lang.Thread.State: RUNNABLE

"Finalizer" daemon prio=10 tid=0x00007fcf580c4800 nid=0x4541 in Object.wait() [0x00007fc3f3cfb000]
   java.lang.Thread.State: WAITING (on object monitor)
        at java.lang.Object.wait(Native Method)
        - waiting on <0x00007fc4165fc708> (a java.lang.ref.ReferenceQueue$Lock)
        at java.lang.ref.ReferenceQueue.remove(ReferenceQueue.java:135)
        - locked <0x00007fc4165fc708> (a java.lang.ref.ReferenceQueue$Lock)
        at java.lang.ref.ReferenceQueue.remove(ReferenceQueue.java:151)
        at java.lang.ref.Finalizer$FinalizerThread.run(Finalizer.java:177)

"Reference Handler" daemon prio=10 tid=0x00007fcf580c2000 nid=0x4540 in Object.wait() [0x00007fc3f3dfc000]
   java.lang.Thread.State: WAITING (on object monitor)
        at java.lang.Object.wait(Native Method)
        - waiting on <0x00007fc4165ffe08> (a java.lang.ref.Reference$Lock)
        at java.lang.Object.wait(Object.java:503)
        at java.lang.ref.Reference$ReferenceHandler.run(Reference.java:133)
        - locked <0x00007fc4165ffe08> (a java.lang.ref.Reference$Lock)

"main" prio=10 tid=0x00007fcf58007800 nid=0x452c runnable [0x00007fcf606b7000]
   java.lang.Thread.State: RUNNABLE
        at java.lang.String.substring(String.java:1960)
        at java.lang.String.subSequence(String.java:1993)
        at java.util.regex.Pattern.split(Pattern.java:1202)
        at com.ldbc.socialnet.neo4j.CsvFileReader.parseLine(CsvFileReader.java:73)
        at com.ldbc.socialnet.neo4j.CsvFileReader.nextLine(CsvFileReader.java:61)
        at com.ldbc.socialnet.neo4j.CsvFileReader.hasNext(CsvFileReader.java:33)
        at com.ldbc.socialnet.neo4j.CsvFileInserter.bufferLines(CsvFileInserter.java:62)
        at com.ldbc.socialnet.neo4j.CsvFileInserter.insertAllBuffered(CsvFileInserter.java:93)
        at com.ldbc.socialnet.neo4j.LdbcSocialNeworkNeo4jImporter.load(LdbcSocialNeworkNeo4jImporter.java:79)
        at com.ldbc.socialnet.neo4j.LdbcSocialNeworkNeo4jImporter.main(LdbcSocialNeworkNeo4jImporter.java:49)

"VM Thread" prio=10 tid=0x00007fcf580ba000 nid=0x453f runnable 

"GC task thread#0 (ParallelGC)" prio=10 tid=0x00007fcf58012800 nid=0x452d runnable 

"GC task thread#1 (ParallelGC)" prio=10 tid=0x00007fcf58014800 nid=0x452e runnable 

"GC task thread#2 (ParallelGC)" prio=10 tid=0x00007fcf58016000 nid=0x452f runnable 

"GC task thread#3 (ParallelGC)" prio=10 tid=0x00007fcf58018000 nid=0x4530 runnable 

"GC task thread#4 (ParallelGC)" prio=10 tid=0x00007fcf5801a000 nid=0x4531 runnable 

"GC task thread#5 (ParallelGC)" prio=10 tid=0x00007fcf5801b800 nid=0x4532 runnable 

"GC task thread#6 (ParallelGC)" prio=10 tid=0x00007fcf5801d800 nid=0x4533 runnable 

"GC task thread#7 (ParallelGC)" prio=10 tid=0x00007fcf5801f800 nid=0x4534 runnable 

"GC task thread#8 (ParallelGC)" prio=10 tid=0x00007fcf58021000 nid=0x4535 runnable 

"GC task thread#9 (ParallelGC)" prio=10 tid=0x00007fcf58023000 nid=0x4536 runnable 

"GC task thread#10 (ParallelGC)" prio=10 tid=0x00007fcf58025000 nid=0x4537 runnable 

"GC task thread#11 (ParallelGC)" prio=10 tid=0x00007fcf58026800 nid=0x4538 runnable 

"GC task thread#12 (ParallelGC)" prio=10 tid=0x00007fcf58028800 nid=0x4539 runnable 

"GC task thread#13 (ParallelGC)" prio=10 tid=0x00007fcf5802a800 nid=0x453a runnable 

"GC task thread#14 (ParallelGC)" prio=10 tid=0x00007fcf5802c800 nid=0x453b runnable 

"GC task thread#15 (ParallelGC)" prio=10 tid=0x00007fcf5802e000 nid=0x453c runnable 

"GC task thread#16 (ParallelGC)" prio=10 tid=0x00007fcf58030000 nid=0x453d runnable 

"GC task thread#17 (ParallelGC)" prio=10 tid=0x00007fcf58032000 nid=0x453e runnable 

"VM Periodic Task Thread" prio=10 tid=0x00007fcf5812d800 nid=0x4546 waiting on condition 

JNI global references: 175

Heap
 PSYoungGen      total 11211840K, used 7045440K [0x00007fcb95000000, 0x00007fcf3d160000, 0x00007fcf55000000)
  eden space 7045440K, 100% used [0x00007fcb95000000,0x00007fcd43050000,0x00007fcd43050000)
  from space 4166400K, 0% used [0x00007fce39510000,0x00007fce39510000,0x00007fcf379d0000)
  to   space 4035328K, 0% used [0x00007fcd43050000,0x00007fcd43050000,0x00007fce39510000)
 PSOldGen        total 31457280K, used 31300002K [0x00007fc415000000, 0x00007fcb95000000, 0x00007fcb95000000)
  object space 31457280K, 99% used [0x00007fc415000000,0x00007fcb8b668b98,0x00007fcb95000000)
 PSPermGen       total 21248K, used 7487K [0x00007fc40aa00000, 0x00007fc40bec0000, 0x00007fc415000000)
  object space 21248K, 35% used [0x00007fc40aa00000,0x00007fc40b14ff48,0x00007fc40bec0000)

En particular, ¿alguien puede dar una pequeña idea de estos valores de montón o sugerir una buena lectura sobre ellos?

Heap
 PSYoungGen      total 16348096K, used 12660905K [0x00007f833a560000, 0x00007f87639c0000, 0x00007f8765000000)
  eden space 15282432K, 82% used [0x00007f833a560000,0x00007f863f18a688,0x00007f86df1a0000)
  from space 1065664K, 0% used [0x00007f86df1a0000,0x00007f86df1a0000,0x00007f8720250000)
  to   space 1036288K, 0% used [0x00007f87245c0000,0x00007f87245c0000,0x00007f87639c0000)
 ParOldGen       total 34952576K, used 34903343K [0x00007f7ae5000000, 0x00007f833a560000, 0x00007f833a560000)
  object space 34952576K, 99% used [0x00007f7ae5000000,0x00007f833754bd90,0x00007f833a560000)
 PSPermGen       total 21248K, used 7130K [0x00007f7adfe00000, 0x00007f7ae12c0000, 0x00007f7ae5000000)
  object space 21248K, 33% used [0x00007f7adfe00000,0x00007f7ae04f6860,0x00007f7ae12c0000)

Answer 1

Parece que su proceso está casi sin memoria:

eden space 7045440K, 100% used
object space 31457280K, 99% used

En este caso, el GC puede ejecutarse continuamente, tratando de liberar algo de memoria, consumiendo todo el CPU. Entonces el hilo de la lógica de la aplicación está bajo inanición. Puede agregar más memoria a través de la opción -Xmx JVM o perfilar la aplicación. La creación de perfiles a través de JVisualVM, Jprofiler u otra herramienta le proporcionará datos importantes de tiempo de ejecución:

• Dinámica de asignación de memoria. Si el consumo de memoria aumenta todo el tiempo, es probable que tenga una pérdida de memoria
• Contenido del montón para descubrir qué ocupa el momory
• Estadísticas de GC

En base a esta información, seguramente podrá resolver el problema.