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R 2.14-detectar paquetes sin espacio de nombres

Question

Según el R News para v2.14:

Todos los paquetes deben tener un espacio de nombres, y uno se crea en la instalación si no se proporciona en las fuentes. Esto significa que cualquier paquete sin un espacio de nombres debe volver a instalarse bajo esta versión de R (pero los paquetes de solo datos sin el código R aún se pueden usar).

¿Cómo detecto programáticamente qué paquetes instalados en 2.13.x no tienen un espacio de nombres para saber qué debo actualizar?

Answer 1

Gran hilo. Yo estaba atrapado en el mismo problema. Para terminar todo lo que hay que hacer puedes:

remove.packages(names(pkgNS[!pkgNS]))
install.packages(names(pkgNS[!pkgNS]))

Answer 2

Solo corre :

update.packages(checkBuilt=TRUE)

Answer 3

La función packageHasNamespace contiene la clave. Úsalo junto con los installed.packages :

El siguiente código recorre todas las ubicaciones de la biblioteca en .libPaths :

pkgNS <- NULL
for(i in seq_along(.libPaths())){
  libLoc <- .libPaths()[i]
  pkgs <- installed.packages(lib.loc=libLoc)[, 1]
  pkgNS <- c(pkgNS, 
      sapply(unname(pkgs), packageHasNamespace, package.lib=libLoc)
  )
}

El resultado de este código es un vector lógico denominado pkgNS que es VERDADERO si el paquete tiene un espacio de nombres, FALSO si no lo tiene.

Para obtener solo los paquetes que no tienen un espacio de nombres, cree un subconjunto de pkgNS donde pkgNS es FALSO:

pkgNS[!pkgNS]

      abind      bitops   CircStats    combinat     corpcor      deldir 
      FALSE       FALSE       FALSE       FALSE       FALSE       FALSE 
     Design         evd   financial         fpc      getopt      gsubfn 
      FALSE       FALSE       FALSE       FALSE       FALSE       FALSE 
       ineq       magic     mlbench    optparse     plotrix       ppcor 
      FALSE       FALSE       FALSE       FALSE       FALSE       FALSE