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¿Cómo debo tratar con el "paquete ''xxx'' no está disponible(para R versión xyz)" advertencia? (16)

Intenté instalar un paquete, usando

install.packages("foobarbaz")

pero recibió la advertencia

Warning message: package ''foobarbaz'' is not available (for R version x.y.z)

¿Por qué R no piensa que el paquete está disponible?

Vea también estas preguntas que se refieren a casos específicos de este problema:

Arreglé este error en Ubuntu siguiendo cuidadosamente las instrucciones para instalar R. Esto incluía:

agregar deb http://cran.utstat.utoronto.ca/bin/linux/ubuntu trusty/ a mi archivo /etc/apt/sources.list
Ejecutando sudo apt-get update
Ejecutando sudo apt-get install r-base-dev

Para el paso 1, puede elegir cualquier espejo de descarga CRAN en lugar de mi Universidad de Toronto, si lo desea.

Casi siempre me funciona cuando uso bioconductor como fuente y luego invoco biocLite. Ejemplo:

source("https://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("preprocessCore")

Cometí el error de olvidarme de poner repos=NULL al instalar el paquete R desde el código fuente. En este caso, el mensaje de error es ligeramente engañoso: el package ''foobarbaz'' is not available (for R version xyz)

El problema no era la versión de R, era el parámetro repos . Hice install.packages(''path/to/source/code/of/foobarbaz'', type=''source'', repos=NULL) que funcionó para mí en esta ocasión.

Espero que esto ayude a alguien.

Como se mencionó here (en francés), esto puede suceder cuando tiene dos versiones de R instaladas en su computadora. Desinstale el más antiguo, luego vuelva a intentar la instalación de su paquete. Funcionó bien para mí.

Devtools + GitHub. Estas 3 líneas (me ayudaron en este error) aún no se mencionaron:

install.packages("devtools") # if not already installed library(devtools) install_git("https://github.com/profile/foobarbaz_repository")

En la última R (3.2.3) hay un error que evita que algunas veces encuentre el paquete correcto. La solución es establecer el repositorio manualmente:

install.packages("lubridate", dependencies=TRUE, repos=''http://cran.rstudio.com/'')

Solución encontrada en otra pregunta

Encontré el mismo problema al instalar el paquete "sentimiento". Comenzó a buscar y probé muchos comandos. Finalmente el paquete instalado usando el siguiente comando:

install_url("http://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/sentiment/sentiment_0.2.tar.gz")

Esta solución podría romper R, pero aquí hay una solución más fácil que funciona el 99% del tiempo.

Lo que tienes que hacer es sólo:

install.packages (''nombre-paquete'', repos = '' http://cran.us.r-project.org '')

Como mencionó el autor here

Esto es lo que finalmente podría hacer para instalar el paquete psych en R-3.4.1 cuando recibí la misma advertencia

1: Googled para ese paquete.

2: descargado manualmente con la extensión tar.gz

3: Seleccione la opción "Archivo de paquete de paquetes (.zip; .tar.gz)" para instalar los paquetes en R

4: buscó localmente en el lugar donde se descargó e hizo clic en instalar

Puede recibir una advertencia: las dependencias ''xyz'' no están disponibles para el paquete, luego instale esas desde el repositorio y luego realice los pasos 3-4.

Esto me ahorró mucho tiempo depurando lo que está mal. En muchos casos son solo espejos desactualizados. Esta función puede instalar múltiples paquetes con sus dependencias usando https://cran.rstudio.com/ :

packages <- function(pkg){ new.pkg <- pkg[!(pkg %in% installed.packages()[, "Package"])] if (length(new.pkg)) install.packages(new.pkg, dependencies = TRUE, repos=''https://cran.rstudio.com/'') sapply(pkg, require, character.only = TRUE) } packages(c("foo", "bar", "baz"))

Otra adición menor, al intentar probar una versión antigua de R usando la imagen acoplable rocker/r-ver:3.1.0

La configuración predeterminada de los MRAN es MRAN y esto no puede obtener muchos paquetes.
Esa versión de R no tiene https , por lo que, por ejemplo: install.packages("knitr", repos = "https://cran.rstudio.com") parece funcionar.

Parece que hay un problema con algunas versiones de R y libcurl . He tenido el mismo problema en Mac (R version 3.2.2) y Ubuntu (R version 3.0.2) y en ambos casos se resolvió simplemente ejecutando esto antes del comando install.packages

options(download.file.method = "wget")

La solución fue sugerida por un amigo, sin embargo, no he podido encontrarla en ninguno de los foros, por lo que he enviado esta respuesta a los demás.

Tuve el mismo problema (en Linux) que podría resolverse cambiando la configuración del proxy. Si está detrás de un servidor proxy, verifique la configuración utilizando Sys.getenv("http_proxy") dentro de R. En mi ~/.Renviron tenía las siguientes líneas (de https://support.rstudio.com/hc/en-us/articles/200488488-Configuring-R-to-Use-an-HTTP-or-HTTPS-Proxy ) causando el problema:

http_proxy=https://proxy.dom.com:port http_proxy_user=user:passwd

Cambiándolo a

http_proxy="http://user:[email protected]:port"

resuelve el problema. Puedes hacer lo mismo para https .

No fue lo primero que pensé cuando leí "el paquete xxx no está disponible para r version-xyz" ...

HTH

Una cosa que me sucedió es que la versión de R proporcionada por mi distribución de Linux (R versión 3.0.2 proporcionada por Ubuntu 14.04) era demasiado antigua para la última versión del paquete disponible en CRAN (en mi caso, plyr versión 1.8. 3 a partir de hoy). La solución fue utilizar el sistema de empaquetado de mi distribución en lugar de intentar instalar desde R ( apt-get install r-cran-plyr me consiguió la versión 1.8.1 de plyr ). Tal vez podría haber intentado actualizar R usando updateR() , pero me temo que hacerlo interferiría con el administrador de paquetes de mi distribución.

1. No puedes deletrear

Lo primero que debe probar es si ha escrito correctamente el nombre del paquete. Los nombres de los paquetes distinguen entre mayúsculas y minúsculas en R.

2. No miraste en el repositorio correcto.

A continuación, debe verificar si el paquete está disponible. Tipo

setRepositories()

Véase también ?setRepositories .

Para ver qué repositorios R buscará en su paquete y, opcionalmente, seleccione algunos adicionales. Como mínimo, normalmente querrá que se seleccione CRAN (extras) y CRAN (extras) si usa Windows, y los repositorios de Bioc* si realiza alguna Bioc* ~~[gen / prote / metabol / transcript] ómicas~~ análisis biológicos.

Para cambiar esto de forma permanente, agregue una línea como setRepositories(ind = c(1:6, 8)) a su archivo Rprofile.site .

3. El paquete no está en los repositorios seleccionados

Devuelve todos los paquetes disponibles usando

ap <- available.packages()

Consulte también Nombres de los paquetes disponibles de R,? Available.packages .

Dado que esta es una matriz grande, es posible que desee utilizar el visor de datos para examinarla. Alternativamente, puede verificar rápidamente si el paquete está disponible haciendo pruebas con los nombres de las filas.

View(ap) "foobarbaz" %in% rownames(ap)

Alternativamente, la lista de paquetes disponibles se puede ver en un navegador para CRAN , CRAN (extras) , Bioconductor , R-forge , RForge y github .

Otro posible mensaje de advertencia que puede obtener al interactuar con los espejos CRAN es:

Warning: unable to access index for repository

Lo que puede indicar que el repositorio CRAN seleccionado no está disponible actualmente. Puede seleccionar un espejo diferente con chooseCRANmirror() y volver a intentar la instalación.

Hay varias razones por las que un paquete puede no estar disponible.

4. No quieres un paquete

Tal vez usted realmente no quiere un paquete. Es común confundirse acerca de la diferencia entre un paquete y una biblioteca , o un paquete y un conjunto de datos.

Un paquete es una colección estandarizada de material que extiende R, por ejemplo, proporciona código, datos o documentación. Una biblioteca es un lugar (directorio) donde R sabe encontrar los paquetes que puede usar

Para ver los conjuntos de datos disponibles, escriba

data()

5. R o Bioconductor está fuera de fecha

Puede tener una dependencia de una versión más reciente de R (o uno de los paquetes que importa / depende). Mirar

ap["foobarbaz", "Depends"]

y considere actualizar su instalación R a la versión actual. En Windows, esto se hace más fácilmente a través del paquete de instalación.

library(installr) updateR()

(Por supuesto, es posible que necesite install.packages("installr") primero los install.packages("installr") ).

De manera equivalente para los paquetes de Bioconductor, es posible que deba actualizar su instalación de Bioconductor.

source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("BiocUpgrade")

6. El paquete está vencido.

Puede haber sido archived (si ya no se mantiene y ya no pasa las pruebas de R CMD check ).

En este caso, puede cargar una versión anterior del paquete utilizando install_version()

library(remotes) install_version("foobarbaz", "0.1.2")

Una alternativa es instalar desde el espejo CRAN github.

library(remotes) install_github("cran/foobarbaz")

7. No hay binario de Windows / OS X / Linux

Es posible que no tenga un binario de Windows debido a que requiere software adicional que CRAN no tiene. Además, algunos paquetes están disponibles solo a través de las fuentes para algunas o todas las plataformas. En este caso, puede haber una versión en el repositorio de CRAN (extras) (ver setRepositories arriba).

Si el paquete requiere código de compilación (p. Ej., C, C ++, FORTRAN), en Windows instale Rtools o en OS X instale las herramientas del desarrollador que acompañan a XCode, e instale la versión original del paquete a través de:

install.packages("foobarbaz", type = "source") # Or equivalently, for Bioconductor packages: source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("foobarbaz", type = "source")

En CRAN, puede saber si necesitará herramientas especiales para compilar el paquete a partir de la fuente mirando el indicador NeedsCompilation en la descripción.

8. El paquete está en github / Bitbucket / Gitorious

Puede tener un repositorio en Github / Bitbucket / Gitorious. Estos paquetes requieren el paquete de remotes para instalar.

library(remotes) install_github("packageauthor/foobarbaz") install_bitbucket("packageauthor/foobarbaz") install_gitorious("packageauthor/foobarbaz")

(Al igual que con installr , es posible que deba installr install.packages("remotes") ).

9. No hay versión fuente del paquete.

Aunque la versión binaria de su paquete está disponible, la versión de origen no lo está. Puede desactivar esta comprobación configurando

options(install.packages.check.source = "no")

como se describe en esta respuesta SO por imanuelc y la sección Detalles de ?install.packages .

10. El paquete está en un repositorio no estándar

Su paquete está en un repositorio no estándar (por ejemplo, Rbbg ). Suponiendo que sea razonablemente compatible con los estándares CRAN, todavía puede descargarlo utilizando install.packages ; solo tienes que especificar la URL del repositorio.

install.packages("Rbbg", repos = "http://r.findata.org")

RHIPE por otro lado, no está en un repositorio similar a CRAN y tiene sus propias instrucciones de instalación .

11. R (u otra dependencia) está desactualizada y no desea actualizarla.

Advertir que esto no es exactamente la mejor práctica.

Descarga la fuente del paquete.
Navegue hasta el archivo DESCRIPTION .
Elimine la línea ofensiva con su editor de texto, por ejemplo
Depends: R (>= 3.1.1)
Instalar desde local (es decir, desde el directorio principal de DESCRIPTION ) por ejemplo
install.packages("foo", type="source", repos=NULL)