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studio - superponer graficas en r



¿Cómo puedo trazar con 2 ejes Y diferentes? (6)

Me gustaría superponer dos diagramas de dispersión en R para que cada conjunto de puntos tenga su propio eje y (diferente) (es decir, en las posiciones 2 y 4 en la figura) pero los puntos aparecen superpuestos en la misma figura.

¿Es posible hacer esto con la plot ?

Editar código de ejemplo que muestra el problema

# example code for SO question y1 <- rnorm(10, 100, 20) y2 <- rnorm(10, 1, 1) x <- 1:10 # in this plot y2 is plotted on what is clearly an inappropriate scale plot(y1 ~ x, ylim = c(-1, 150)) points(y2 ~ x, pch = 2)

Como su nombre lo sugiere, twoord.plot() en el paquete plotrix traza con dos ejes de ordenadas.

library(plotrix) example(twoord.plot)

Es una pregunta frecuente Aquí hay una solución más antigua que proporcioné hace casi seis años a la Galería R Graph

Podría ver, por ejemplo, en la función plotVolumeBars() que combina una escala absoluta y una relativa en un gráfico.

Si puede renunciar a las etiquetas de escalas / ejes, puede cambiar la escala de los datos a intervalos (0, 1). Esto funciona, por ejemplo, para diferentes trakcs de "meneo" en los cromosomas, cuando generalmente te interesan las correlaciones locales entre las pistas y tienen diferentes escalas (cobertura en miles, Fst 0-1).

# rescale numeric vector into (0, 1) interval # clip everything outside the range rescale <- function(vec, lims=range(vec), clip=c(0, 1)) { # find the coeficients of transforming linear equation # that maps the lims range to (0, 1) slope <- (1 - 0) / (lims[2] - lims[1]) intercept <- - slope * lims[1] xformed <- slope * vec + intercept # do the clipping xformed[xformed < 0] <- clip[1] xformed[xformed > 1] <- clip[2] xformed }

Luego, teniendo un marco de datos con chrom , position , coverage y columnas de la primera columna, puede hacer algo como:

ggplot(d, aes(position)) + geom_line(aes(y = rescale(fst))) + geom_line(aes(y = rescale(coverage))) + facet_wrap(~chrom)

La ventaja de esto es que no estás limitado a dos trakcs.

Una opción es hacer dos parcelas una al lado de la otra. ggplot2 proporciona una buena opción para esto con facet_wrap() :

dat <- data.frame(x = c(rnorm(100), rnorm(100, 10, 2)) , y = c(rnorm(100), rlnorm(100, 9, 2)) , index = rep(1:2, each = 100) ) require(ggplot2) ggplot(dat, aes(x,y)) + geom_point() + facet_wrap(~ index, scales = "free_y")

Yo también twoord.stackplot() en el paquete plotrix traza con más de dos ejes de ordenadas.

data<-read.table(text= "e0AL fxAL e0CO fxCO e0BR fxBR anos 51.8 5.9 50.6 6.8 51.0 6.2 1955 54.7 5.9 55.2 6.8 53.5 6.2 1960 57.1 6.0 57.9 6.8 55.9 6.2 1965 59.1 5.6 60.1 6.2 57.9 5.4 1970 61.2 5.1 61.8 5.0 59.8 4.7 1975 63.4 4.5 64.0 4.3 61.8 4.3 1980 65.4 3.9 66.9 3.7 63.5 3.8 1985 67.3 3.4 68.0 3.2 65.5 3.1 1990 69.1 3.0 68.7 3.0 67.5 2.6 1995 70.9 2.8 70.3 2.8 69.5 2.5 2000 72.4 2.5 71.7 2.6 71.1 2.3 2005 73.3 2.3 72.9 2.5 72.1 1.9 2010 74.3 2.2 73.8 2.4 73.2 1.8 2015 75.2 2.0 74.6 2.3 74.2 1.7 2020 76.0 2.0 75.4 2.2 75.2 1.6 2025 76.8 1.9 76.2 2.1 76.1 1.6 2030 77.6 1.9 76.9 2.1 77.1 1.6 2035 78.4 1.9 77.6 2.0 77.9 1.7 2040 79.1 1.8 78.3 1.9 78.7 1.7 2045 79.8 1.8 79.0 1.9 79.5 1.7 2050 80.5 1.8 79.7 1.9 80.3 1.7 2055 81.1 1.8 80.3 1.8 80.9 1.8 2060 81.7 1.8 80.9 1.8 81.6 1.8 2065 82.3 1.8 81.4 1.8 82.2 1.8 2070 82.8 1.8 82.0 1.7 82.8 1.8 2075 83.3 1.8 82.5 1.7 83.4 1.9 2080 83.8 1.8 83.0 1.7 83.9 1.9 2085 84.3 1.9 83.5 1.8 84.4 1.9 2090 84.7 1.9 83.9 1.8 84.9 1.9 2095 85.1 1.9 84.3 1.8 85.4 1.9 2100", header=T) require(plotrix) twoord.stackplot(lx=data$anos, rx=data$anos, ldata=cbind(data$e0AL, data$e0BR, data$e0CO), rdata=cbind(data$fxAL, data$fxBR, data$fxCO), lcol=c("black","red", "blue"), rcol=c("black","red", "blue"), ltype=c("l","o","b"), rtype=c("l","o","b"), lylab="Años de Vida", rylab="Hijos x Mujer", xlab="Tiempo", main="Mortalidad/Fecundidad:1950–2100", border="grey80") legend("bottomright", c(paste("Proy:", c("A. Latina", "Brasil", "Colombia"))), cex=1, col=c("black","red", "blue"), lwd=2, bty="n", lty=c(1,1,2), pch=c(NA,1,1) )

actualización : material copiado que estaba en la R wiki en http://rwiki.sciviews.org/doku.php?id=tips:graphics-base:2yaxes : 2yaxes , enlace ahora roto: también disponible en la máquina de retorno

Dos ejes y diferentes en la misma parcela

(algún material originalmente por Daniel Rajdl 2006/03/31 15:26)

Tenga en cuenta que hay muy pocas situaciones en las que sea apropiado usar dos escalas diferentes en la misma parcela. Es muy fácil confundir al espectador del gráfico. Verifique los siguientes dos ejemplos y comentarios sobre este tema ( example1 , example2 de Junk Charts ), así como este artículo de Stephen Few (que concluye "Ciertamente no puedo concluir, de una vez por todas, que los gráficos con ejes de doble escala nunca útil, solo que no puedo pensar en una situación que lo justifique a la luz de otras soluciones mejores ".) También vea el punto # 4 en esta caricatura ...

Si está decidido, la receta básica es crear su primer gráfico, establezca par(new=TRUE) para evitar que R limpie el dispositivo gráfico, creando el segundo gráfico con axes=FALSE (y estableciendo xlab y ylab para estar en blanco - ann=FALSE también debería funcionar) y luego usar axis(side=4) para agregar un nuevo eje en el lado derecho, y mtext(...,side=4) para agregar una etiqueta de eje en el lado derecho. Aquí hay un ejemplo usando un poco de datos inventados:

set.seed(101) x <- 1:10 y <- rnorm(10) ## second data set on a very different scale z <- runif(10, min=1000, max=10000) par(mar = c(5, 4, 4, 4) + 0.3) # Leave space for z axis plot(x, y) # first plot par(new = TRUE) plot(x, z, type = "l", axes = FALSE, bty = "n", xlab = "", ylab = "") axis(side=4, at = pretty(range(z))) mtext("z", side=4, line=3)

twoord.plot() en el paquete plotrix automatiza este proceso, al igual que doubleYScale() en el paquete latticeExtra .

Otro ejemplo (adaptado de una publicación de la lista de correo de R por Robert W. Baer):

## set up some fake test data time <- seq(0,72,12) betagal.abs <- c(0.05,0.18,0.25,0.31,0.32,0.34,0.35) cell.density <- c(0,1000,2000,3000,4000,5000,6000) ## add extra space to right margin of plot within frame par(mar=c(5, 4, 4, 6) + 0.1) ## Plot first set of data and draw its axis plot(time, betagal.abs, pch=16, axes=FALSE, ylim=c(0,1), xlab="", ylab="", type="b",col="black", main="Mike''s test data") axis(2, ylim=c(0,1),col="black",las=1) ## las=1 makes horizontal labels mtext("Beta Gal Absorbance",side=2,line=2.5) box() ## Allow a second plot on the same graph par(new=TRUE) ## Plot the second plot and put axis scale on right plot(time, cell.density, pch=15, xlab="", ylab="", ylim=c(0,7000), axes=FALSE, type="b", col="red") ## a little farther out (line=4) to make room for labels mtext("Cell Density",side=4,col="red",line=4) axis(4, ylim=c(0,7000), col="red",col.axis="red",las=1) ## Draw the time axis axis(1,pretty(range(time),10)) mtext("Time (Hours)",side=1,col="black",line=2.5) ## Add Legend legend("topleft",legend=c("Beta Gal","Cell Density"), text.col=c("black","red"),pch=c(16,15),col=c("black","red"))

Se pueden usar recetas similares para superponer gráficas de diferentes tipos: gráficos de barra, histogramas, etc.