python - sklearn - Curva de roc y punto de corte. Pitón.

roc curve python

Question

Estoy ejecutando un modelo logístico y predije los valores logit. Solía ​​:

 from sklearn import metrics
fpr, tpr, thresholds = metrics.roc_curve(Y_test,p)

Sé que metric.roc_auc_score proporcionará el área debajo de la curva, pero ¿Alguien puede decirme cuál es el comando para encontrar el punto de corte óptimo (valor de umbral)?

Answer 1

Aunque es tarde para responder, el pensamiento podría ser útil. Puedes hacerlo usando el paquete epi en R (here!) , Sin embargo, no pude encontrar un paquete o ejemplo similar en python.

El punto de corte óptimo sería donde true positive rate es alta y la false positive rate es baja . Basado en esta lógica, he sacado un ejemplo a continuación para encontrar el umbral óptimo.

Código Python:

import pandas as pd
import statsmodels.api as sm
import pylab as pl
import numpy as np
from sklearn.metrics import roc_curve, auc
# read the data in
df = pd.read_csv("http://www.ats.ucla.edu/stat/data/binary.csv")
# rename the ''rank'' column because there is also a DataFrame method called ''rank''
df.columns = ["admit", "gre", "gpa", "prestige"]
# dummify rank
dummy_ranks = pd.get_dummies(df[''prestige''], prefix=''prestige'')
# create a clean data frame for the regression
cols_to_keep = [''admit'', ''gre'', ''gpa'']
data = df[cols_to_keep].join(dummy_ranks.ix[:, ''prestige_2'':])
# manually add the intercept
data[''intercept''] = 1.0
train_cols = data.columns[1:]
# fit the model
result = sm.Logit(data[''admit''], data[train_cols]).fit()
print result.summary()
# Add prediction to dataframe
data[''pred''] = result.predict(data[train_cols])
fpr, tpr, thresholds =roc_curve(data[''admit''], data[''pred''])
roc_auc = auc(fpr, tpr)
print("Area under the ROC curve : %f" % roc_auc)
####################################
# The optimal cut off would be where tpr is high and fpr is low
# tpr - (1-fpr) is zero or near to zero is the optimal cut off point
####################################
i = np.arange(len(tpr)) # index for df
roc = pd.DataFrame({''fpr'' : pd.Series(fpr, index=i),''tpr'' : pd.Series(tpr, index = i), ''1-fpr'' : pd.Series(1-fpr, index = i), ''tf'' : pd.Series(tpr - (1-fpr), index = i), ''thresholds'' : pd.Series(thresholds, index = i)})
roc.ix[(roc.tf-0).abs().argsort()[:1]]
# Plot tpr vs 1-fpr
fig, ax = pl.subplots()
pl.plot(roc[''tpr''])
pl.plot(roc[''1-fpr''], color = ''red'')
pl.xlabel(''1-False Positive Rate'')
pl.ylabel(''True Positive Rate'')
pl.title(''Receiver operating characteristic'')
ax.set_xticklabels([])

El punto de corte óptimo es 0.317628, por lo que cualquier cosa por encima de esto se puede etiquetar como 1 más 0. En la salida / gráfica puede ver que donde tpr se cruza 1-fpr, tpr es 63%, fpr es 36% y tpr- ( 1-fpr) es el más cercano a cero en el ejemplo actual.

Salida:

 1-fpr fpr tf thresholds tpr
171 0.637363 0.362637 0.000433 0.317628 0.637795

Espero que esto sea de ayuda.

Editar

Para simplificar y traer reutilización, he hecho una función para encontrar el punto de corte de probabilidad óptimo.

Código Python:

def Find_Optimal_Cutoff(target, predicted):
""" Find the optimal probability cutoff point for a classification model related to event rate
Parameters
----------
target : Matrix with dependent or target data, where rows are observations
predicted : Matrix with predicted data, where rows are observations
Returns
-------
list type, with optimal cutoff value
"""
fpr, tpr, threshold = roc_curve(target, predicted)
i = np.arange(len(tpr))
roc = pd.DataFrame({''tf'' : pd.Series(tpr-(1-fpr), index=i), ''threshold'' : pd.Series(threshold, index=i)})
roc_t = roc.ix[(roc.tf-0).abs().argsort()[:1]]
return list(roc_t[''threshold''])
# Add prediction probability to dataframe
data[''pred_proba''] = result.predict(data[train_cols])
# Find optimal probability threshold
threshold = Find_Optimal_Cutoff(data[''admit''], data[''pred_proba''])
print threshold
# [0.31762762459360921]
# Find prediction to the dataframe applying threshold
data[''pred''] = data[''pred_proba''].map(lambda x: 1 if x > threshold else 0)
# Print confusion Matrix
from sklearn.metrics import confusion_matrix
confusion_matrix(data[''admit''], data[''pred''])
# array([[175, 98],
# [ 46, 81]])

Answer 2

Dados los umbrales tpr, fpr, de su pregunta, la respuesta para el umbral óptimo es simplemente:

optimal_idx = np.argmax(tpr - fpr)
optimal_threshold = thresholds[optimal_idx]

Answer 3

El post de cgnorthcutt

Dados los umbrales tpr, fpr, de su pregunta, la respuesta para el umbral óptimo es simplemente:

optimo_idx = np.argmax (tpr - fpr) optimo umbral = umbrales [optimo_idx]

es casi correcto El valor de abs debe ser tomado.

optimal_idx = np.argmax(np.abs(tpr - fpr))
optimal_threshold = thresholds[optimal_idx]

En este pdf http://www.medicalbiostatistics.com/roccurve.pdf p.6 he encontrado otra posibilidad:

opt_idx = np.argmax(np.sqrt(np.square(1-tpr) + np.square(fpr)))

Answer 4

Implementación Vanilla Python de la puntuación J de Youden

def cutoff_youdens_j(fpr,tpr,thresholds):
j_scores = tpr-fpr
j_ordered = sorted(zip(j_scores,thresholds))
return j_ordered[-1][1]