the - ¿Qué es una línea de comando ordenada equivalente al Knit HTML de RStudio?

r notebook

Question

¿Qué es una línea de comando ordenada equivalente al Knit HTML de RStudio? Dado un archivo .Rmd , puede usar RStudio para tejer archivos .html , .docx y .pdf utilizando Knitr. Sería genial cambiar este proceso completamente a la línea de comando. Mi enfoque hasta ahora:

Rscript -e "library(knitr); knit(''test.Rmd'')"  # This creates test.md
pandoc test.md >> test.html

Esto funciona bien, pero el test.html resultante no viene con la misma marca que en RStudio. ¿Alguna sugerencia sobre cómo se debe .Rmd mejor los archivos .Rmd a .html través de la línea de comandos y terminar con un bonito .html ?

Pregunta adicional: ¿Cuál sería la mejor solución de línea de comandos para .pdf o .docx ?

Answer 1

Siguiendo con la respuesta aceptada, he redactado un script bash llamado "knitter" que hará todo lo necesario, todo lo que el usuario debe hacer es ingresar: ./knitter file.Rmd file.html o ./knitter file.Rmd file.pdf .

El guión está abajo:

#!/bin/sh

### Test usage; if incorrect, output correct usage and exit
if [ "$#" -gt 2  -o  "$#" -lt 2 ]; then
    echo "********************************************************************"
    echo "*                        Knitter version 1.0                       *"
    echo "********************************************************************"
    echo -e "The ''knitter'' script converts Rmd files into HTML or PDFs. /n"
    echo -e "usage: knitter file.Rmd file.{pdf,html} /n"
    echo -e "Spaces in the filename or directory name may cause failure. /n"
    exit
fi
# Stem and extension of file
extension1=`echo $1 | cut -f2 -d.`
extension2=`echo $2 | cut -f2 -d.`

### Test if file exist
if [[ ! -r $1 ]]; then
    echo -e "/n File does not exist, or option mispecified /n"
    exit
fi

### Test file extension
if [[ $extension1 != Rmd ]]; then
    echo -e "/n Invalid input file, must be a Rmd-file /n"
    exit
fi

# Create temporary script
# Use user-defined ''TMPDIR'' if possible; else, use /tmp
if [[ -n $TMPDIR ]]; then
    pathy=$TMPDIR
else
    pathy=/tmp
fi
# Tempfile for the script
tempscript=`mktemp $pathy/tempscript.XXXXXX` || exit 1

if [[ $extension2 == "pdf" ]]; then
    echo "library(rmarkdown); rmarkdown::render(''"${1}"'', ''pdf_document'')" >> $tempscript
    Rscript $tempscript
fi
if [[ $extension2 == "html" ]]; then
    echo "library(rmarkdown); rmarkdown::render(''"${1}"'', ''html_document'')" >> $tempscript
    Rscript $tempscript
fi

Answer 2

library(rmarkdown)

rmarkdown::render("test.Rmd", "html_document")