body - Cómo extraer elementos de una lista con elementos mixtos

body html definicion

Question

Tengo una lista en R con los siguientes elementos:

[[812]]
[1] ""             "668"          "12345_s_at" "667"          "4.899777748" 
[6] "49.53333333"  "10.10930207"  "1.598228663"  "5.087437057" 

[[813]]
[1] ""            "376"         "6789_at"  "375"         "4.899655078"
[6] "136.3333333" "27.82508792" "2.20223398"  "5.087437057"

[[814]]
[1] ""             "19265"        "12351_s_at" "19264"        "4.897730912" 
[6] "889.3666667"  "181.5874908"  "1.846451572"  "5.087437057" 

Sé que puedo acceder a ellos con algo como list_elem[[814]][3] en caso de que quiera extraer el tercer elemento de la posición 814. Necesito extraer el tercer elemento de toda la lista, por ejemplo 12345_s_at , y Quiero ponerlos en un vector o lista para poder comparar sus elementos con otra lista más adelante. A continuación se muestra mi código:

elem<-(c(listdata))
lp<-length(elem)
for (i in 1:lp)
{
    newlist<-c(listdata[[i]][3]) ###maybe to put in a vector
    print(newlist)
 }

Cuando imprimo los resultados obtengo el tercer elemento, pero así:

  [1] "1417365_a_at"
  [1] "1416336_s_at"
  [1] "1416044_at"
  [1] "1451201_s_at"

así que no puedo atravesarlos con un índice como newlist[3] , porque devuelve NA . ¿Dónde está mi error?

Answer 1

Con purrr puedes extraer elementos y asegurar la consistencia del tipo de datos:

library(purrr)

listdata <- list(c("","668","12345_s_at","667", "4.899777748","49.53333333",
       "10.10930207", "1.598228663","5.087437057"),
     c("","376", "6789_at",  "375",  "4.899655078","136.3333333",
       "27.82508792", "2.20223398",  "5.087437057"),
     c("", "19265", "12351_s_at", "19264", "4.897730912",
       "889.3666667", "181.5874908","1.846451572","5.087437057" ))

map_chr(listdata, 3)
## [1] "12345_s_at" "6789_at"    "12351_s_at"

Hay otras funciones map_ que aplican la consistencia del tipo y un map_df() que finalmente puede ayudar a terminar con la do.call(rbind, …) .

Answer 2

En caso de que quisiera usar el código que escribió en su pregunta, a continuación está la solución:

listdata <- list(c("","668","12345_s_at","667", "4.899777748","49.53333333",
       "10.10930207", "1.598228663","5.087437057"),
     c("","376", "6789_at",  "375",  "4.899655078","136.3333333",
       "27.82508792", "2.20223398",  "5.087437057"),
     c("", "19265", "12351_s_at", "19264", "4.897730912",
       "889.3666667", "181.5874908","1.846451572","5.087437057" ))

v <- character() #creates empty character vector
list_len <- length(listdata)
for(i in 1:list_len)
    v <- c(v, listdata[[i]][3]) #fills the vector with list elements (not efficient, but works fine)

print(v)
[1] "12345_s_at" "6789_at"    "12351_s_at"

Answer 3

Si desea extraer el tercer elemento de cada elemento de lista, puede hacerlo:

List <- list(c(1:3), c(4:6), c(7:9))
lapply(List, ''[['', 3)  # This returns a list with only the third element
unlist(lapply(List, ''[['', 3)) # This returns a vector with the third element

Usando tu ejemplo y teniendo en cuenta @GSee comentario puedes hacer:

yourList <- list(c("","668","12345_s_at","667", "4.899777748","49.53333333",
       "10.10930207", "1.598228663","5.087437057"),
     c("","376", "6789_at",  "375",  "4.899655078","136.3333333",
       "27.82508792", "2.20223398",  "5.087437057"),
     c("", "19265", "12351_s_at", "19264", "4.897730912",
       "889.3666667", "181.5874908","1.846451572","5.087437057" ))

sapply(yourList, ''[['', 3)
[1] "12345_s_at" "6789_at"    "12351_s_at"

La próxima vez, puede proporcionar algunos datos utilizando el dput en una parte de su conjunto de datos para que podamos reproducir su problema fácilmente.