r - nba - pheatmap

gráfico de heatmap de columna de fila con círculo superpuesto(relleno y tamaño) en r

Question

Aquí hay un gráfico que estoy tratando de desarrollar:

Tengo variables de coordenadas de fila y columna, también tres variables cuatritativas (rectheat = para llenar el mapa de calor del rectángulo, tamaño de círculos = tamaño de círculos, relleno de círculo = mapa de calor de relleno de color). NA debe faltar representado por un color diferente (por ejemplo, color gris).

El siguiente es datos:

set.seed (1234)
rectheat = sample(c(rnorm (10, 5,1), NA, NA), 7*14, replace = T)

dataf <- data.frame (rowv = rep (1:7, 14), columnv = rep(1:14, each = 7),
          rectheat, circlesize = rectheat*1.5,
          circlefill =  rectheat*10 )
dataf

Aquí está el código en el que trabajé:

require(ggplot2)
ggplot(dataf, aes(y = factor(rowv),x = factor(columnv))) +
      geom_rect(aes(colour = rectheat)) +
     geom_point(aes(colour = circlefill, size =circlesize))  + theme_bw()

No estoy seguro si geom_rect es apropiado y otra parte está bien ya que no pude obtener ningún resultado excepto errores.

Answer 1

Aquí es mejor usar geom_tile (heatmap).

require(ggplot2)
  ggplot(dataf, aes(y = factor(rowv),
             x = factor(columnv))) +        ## global aes
  geom_tile(aes(fill = rectheat)) +         ## to get the rect filled
  geom_point(aes(colour = circlefill, 
                   size =circlesize))  +    ## geom_point for circle illusion
  scale_color_gradient(low = "yellow",  
                       high = "red")+       ## color of the corresponding aes
  scale_size(range = c(1, 20))+             ## to tune the size of circles
  theme_bw()