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python - descargar - conda-¿Cómo instalar paquetes R que no están disponibles en "R-essentials"?



r in jupyter notebook anaconda (10)

Utilizo una instalación de Anaconda lista para usar para trabajar con Python. Ahora he leído que es posible también "incluir" el mundo R dentro de esta instalación y usar el núcleo IR dentro del cuaderno Jupyter / Ipython .

Encontré el comando para instalar una serie de paquetes R famosos: conda install -cr r-essentials

La pregunta de mi principiante:

¿Cómo instalo paquetes R que no están incluidos en el paquete R-essential ? Por ejemplo, paquetes R que están disponibles en CRAN. "pip" solo funciona para paquetes PyPI Python, ¿no?

Agregándolo aquí para que otros principiantes que ya trabajan con las notebooks Jupyter con Python y estén interesados ​​en usarlo con R: se pueden instalar paquetes adicionales disponibles para Anaconda a través de la terminal usando el mismo comando que se usa para instalar los paquetes esenciales.

Instalar r-essentials

conda install -c r r-essentials

Instalar microbenchmark (infraestructura para medir y comparar con precisión el tiempo de ejecución de las expresiones R)

conda install -c r r-microbenchmark

Alguien sugirió una forma no tan elegante de evitarlo, pero lo que es elegante mientras funcione.

install.packages (''package'', ''/ Users / yourusernamehere / anaconda / lib / R / library'')

Pasé casi una mañana entera buscando una respuesta a este problema. Pude instalar las bibliotecas en RStudio pero no en Jupyter Notebook (tienen diferentes versiones de R) La solución anterior "casi" funcionó, es solo que descubrí que Jupyter Notebook estaba intentando instalar en un directorio diferente, y lo hará informar qué directorio. Así que solo cambié eso y funcionó de maravilla ... gracias a Dninhos

Aquí hay una respuesta centrada en conda. Se basa en la respuesta de Frank y el sitio web continuo: https://www.continuum.io/content/conda-data-science con un poco más de detalle.

Algunos paquetes que no están disponibles en r-essentials todavía están disponibles en canales conda, en ese caso, es simple:

conda config --add channels r conda install r-readxl

Si necesita compilar un paquete e instalarlo usando conda:

conda skeleton cran r-xgboost conda build r-xgboost conda install --use-local r-xgboost

esa última línea está ausente en el sitio web continuo porque suponen que primero se publica en el repositorio de anaconda. Sin él, no se colocará nada en el directorio envs / y el paquete no será accesible para la línea de comandos R o Jupyter.

En una Mac, me pareció importante instalar el compilador de Clang para compilaciones de paquetes:

conda install clangxx_oxs-64

Encontré una solución fácil. Supongo que tienes un IDE de RStudio para ti R. Es extraño usar RStudio para eso, pero intenté directamente desde R en mi terminal y no funcionó. Entonces, en la consola RStudio, simplemente haga lo habitual agregando la ruta a su directorio anaconda (en OSX, ''/ Users / yourusernamehere / anaconda / lib / R / library'')

Así por ejemplo,

install.packages(''package'',''/Users/yourusernamehere/anaconda/lib/R/library'')

Me da vergüenza publicar una respuesta tan elegante, pero esa es la única que me funcionó.

Instale rpy2 con conda y agregue la siguiente línea en su computadora portátil Jupyter.

%load_ext rpy2.ipython

En los siguientes fragmentos, simplemente puede ejecutar cualquier código r especificando% R

A continuación se muestra mi método favorito para instalar y / o cargar el paquete r

%R if (!require("pacman")) install.packages("pacman") %R pacman::p_load(dplyr, data.table, package3, package4)

El argumento p_load instalará + cargará el paquete si no está en su lib, de lo contrario, simplemente lo cargará.

Intenté instalar paquetes R ggplot2, tidyverse, etc. usando repositorios CRAN de línea de comando estándar y encontré múltiples problemas y problemas.

Todo, desde archivos "init.tcl" inutilizables hasta una cadena de errores de quince caracteres. Pude usar la instalación de Conda y el sitio WWW.Anaconda.org para más detalles. Esto instaló paquetes R dentro de la arquitectura de directorio de Anaconda que eran ejecutables en R en el terminal, RStudio y entorno R en los Cuadernos Jupyter del Navegador Anaconda.

por ejemplo: conda install -cr r-tidyverse Muy fácil y funcionó la primera vez.
[En Kubuntu 17.04 con Anaconda Navigator 1.6.2; R versión 3.3.2 (31/10/2016)]

Para instalar otros paquetes R en Jupyter más allá de R-essentials

install.packages(''readr'', repos=''http://cran.us.r-project.org'')

Un problema es que el repositorio específico es el US.R-Project (como se muestra a continuación). Intenté con otros y no funcionó.

NB Reemplace el readr con cualquier nombre de paquete deseado para instalar.

Para instalar un paquete CRAN desde la línea de comandos:

R --slave -e "install.packages(''missing-package'', repos=''http://cran.us.r-project.org'')"

Tuve un problema al intentar instalar el paquete desde github usando install_github("user/package") en conda con r-essentials. Los errores fueron múltiples y no descriptivos.

Pude resolver un problema usando estos pasos:

  • descargue y descomprima el paquete localmente
  • activar el entorno conda correcto (si es necesario)
  • ejecutar R desde la línea de comando
  • library(devtools)
  • install(''/path/to/unzipped-package'')
  • El comando falló debido a la falta de dependencias, ¡pero ahora sé lo que falta!
  • ejecute install.packages(''missing-package'', repos=''http://cran.us.r-project.org'') para todas las dependencias
  • ejecute install(''/path/to/unzipped-package'') nuevamente. ¡Ahora debería funcionar!

Ahora he encontrado la documentación:

Esta es la documentación que explica cómo generar paquetes R que solo están disponibles en el repositorio de CRAN: https://www.continuum.io/content/conda-data-science

Vaya a la sección "Creación de un paquete conda R".

(Sugerencia: siempre que el paquete R esté disponible en anaconda.org, use este recurso. Consulte aquí: https://www.continuum.io/blog/developer/jupyter-and-conda-r )

La respuesta de alistaire es otra posibilidad para agregar paquetes R:

Si instala paquetes desde el interior de R a través de install.packages (desde los espejos CRAN) o devtools::install_github (desde GitHub), funcionan bien. @alistaire

Cómo hacer esto: Abra su instalación R (independiente), luego ejecute el siguiente comando:

install.packages("png", "/home/user/anaconda3/lib/R/library")

para agregar un nuevo paquete a la biblioteca R correcta utilizada por Jupyter; de lo contrario, el paquete se instalará en /home/user/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.2/png/libs mencionado en .libPaths () .