inside - grep regex

Extrae solo una palabra entera usando grep

Question

Tengo un gran archivo de texto. Necesito extraer todas las líneas que contienen la palabra exacta "DUSP1". Aquí un ejemplo de las líneas:

9606 ENSP00000239223 DUSP1 BLAST
9606 ENSP00000239223 DUSP1-001 Ensembl

Quiero recuperar la primera línea pero no la segunda.

Probé varios comandos como:

grep -E "^DUSP1"
grep ''/<DUSP1/>''
grep ''^DUSP1$''
grep -w DUSP1

Pero ninguno de ellos parece funcionar. ¿Qué opción debo usar?

Answer 1

El problema al que se enfrenta es que grep considera un guión (-) como un delimitador de palabras.

Debes probar este comando:

grep ''/sDUSP1/s'' file

para asegurarse de que hay espacios alrededor de su palabra.

Answer 2

Si desea grep exactamente la palabra completa, puede usar los límites de las palabras de esta manera:

grep ''/bDUSP1/b''

Esto coincide con la palabra exacta al principio y al final.

Answer 3

añadiendo a lo que dijo sputpick, podría ser eso o:

grep ''/sDUSP1$'' file 

si el DUSP1 es el final de la línea.