studio - Cómo especificar el directorio lib al instalar paquetes de la versión R de desarrollo desde el repositorio github

que es un paquete en r

Question

En Ubuntu, estoy instalando todos los paquetes R en el directorio, /usr/lib/R/site-library especificando la opción lib en install.packages() .

Pero cuando trato de instalar la versión de desarrollo de los paquetes R usando, install_github() , siempre se instala en un repositorio local del usuario del sistema.

.libPaths() tiene 4 directorios, incluido el repositorio local. Por lo tanto, tengo 2 preguntas,

1. ¿Se instalará en cualquiera de los otros 3 repositorios si .libPaths() repositorio local de .libPaths() ?

2. ¿Hay alguna manera de especificar la ruta de la biblioteca de instalación en install_github() ?

Estoy usando Ubuntu 12.04 64bit y R 3.0.1

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1. No se puede eliminar el repositorio local de .libPaths()

2. Si trato de instalar usando install_github() en RStudio , se instala en el local repository ya que no se especifica lib .

3. Si intento instalar utilizando install_github() como usuario no root , se instala en el local repository ya que no se especifica lib .

4. Si intento instalar utilizando install_github() como usuario root , se instala en /usr/local/lib/R/site-library ya que no se especifica lib .

¿Hay alguna para especificar la installation lib ?

Answer 1

Esto es más como una solución alternativa, pero encontré la forma de usar la versión de línea de comandos de R.

A partir de Ubuntu:

sudo -i R

El truco (que encontré) es usar la opción -i

Entonces de R:

.libPaths()

mi directorio R local no aparece; El directorio predeterminado es el que quiero.

Luego, install.packages() o install_github() con impunidad.

Espero que esto ayude,

Ian

Answer 2

Para agregar rutas de biblioteca especificadas en devtools , necesitamos usar with_libpaths()

Los argumentos para with_libpaths() son, with_libpaths(new, code)

A continuación se muestra un ejemplo para usar with_libpaths() ,

library(devtools)
with_libpaths(new = "/usr/lib/R/site-library/", install_github(''rCharts'', ''ramnathv''))

Cortesía: Hadley, here :)

Y aparte de with_libpaths() , hay más opciones para en devtools::with_something()

in_dir: working directory
with_collate: collation order
with_envvar: environmental variables
with_libpaths: library paths, replacing current libpaths
with_lib: library paths, prepending to current libpaths
with_locale: any locale setting
with_options: options
with_path: PATH environment variable
with_par: graphics parameters

Más explicaciones here

Answer 3

install_github toma un ... argumento que pasa a devtools::install . devtools::install tiene un argumento args .

args
Un vector de caracteres opcional de argumentos de línea de comando adicionales que se pasarán a la instalación de R CMD. Este es el valor predeterminado de la opción "devtools.install.args".

R CMD install toma un argumento de biblioteca

 Options:
  -h, --help            print short help message and exit
  -v, --version         print INSTALL version info and exit
  -c, --clean           remove files created during installation
      --preclean        remove files created during a previous run
  -d, --debug           turn on debugging messages
                        and build a debug DLL
  -l, --library=LIB     install packages to library tree LIB

Así que lo siguiente debería funcionar:

devtools::install_github("repo", args = c(''--library="./mypath/gdfgdg/"''))

sin embargo, no parece estar reemplazando la llamada a R CMD install

"C:/PROGRA~1/R/R-31~1.0/bin/x64/R" --vanilla CMD INSTALL  /
  "C:/Users/john/AppData/Local/Temp/RtmpucrXMD/RSelenium_1.3.2.tar.gz"  /
  --library="C:/Users/john/Documents/R/win-library/3.1" --install-tests  /
  --library="C:/Users/john/Desktop/"