python - shrinkage - sklearn ensemble

¿Cómo obtengo los componentes para LDA en scikit-learn?

Question

Cuando se usa PCA en sklearn, es fácil sacar los componentes:

from sklearn import decomposition
pca = decomposition.PCA(n_components=n_components)
pca_data = pca.fit(input_data)
pca_components = pca.components_

Pero no puedo, por mi vida, descubrir cómo sacar los componentes de LDA, ya que no hay ningún atributo components_. ¿Hay un atributo similar en sklearn lda?

Answer 1

En PCA, la operación de transformación utiliza self.components_.T (ver el código ):

    X_transformed = np.dot(X, self.components_.T)

En LDA, la operación de transformación utiliza self.scalings_ (ver el código ):

    X_new = np.dot(X, self.scalings_)

Tenga en cuenta el .T que transpone la matriz en la PCA, y no en LDA:

• PCA: components_ : array, shape (n_components, n_features)
• LDA: scalings_ : array, shape (n_features, n_classes - 1)

Answer 2

Hay un atributo coef_ que probablemente contiene lo que estás buscando. Se debe documentar. Como esta es una función de decisión lineal, coef_ es probablemente el nombre correcto en el esquema de asignación de nombres de sklearn.

También puede utilizar directamente el método de transform para proyectar datos al nuevo espacio.

Answer 3

Mi lectura del código es que el atributo coef_ se usa para ponderar cada uno de los componentes al puntuar las características de una muestra en comparación con las diferentes clases. scaling es el vector propio y xbar_ es la media. En el espíritu de UTSL, aquí está la fuente de la función de decisión: https://github.com/scikit-learn/scikit-learn/blob/master/sklearn/lda.py#L188

Answer 4

En el caso de PCA , la documentación es clara. Los pca.components_ son los vectores propios.

En el caso de LDA , necesitamos el atributo lda.scalings_ .

Ejemplo visual utilizando datos de iris y sklearn:

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from sklearn import datasets
import pandas as pd
from sklearn.preprocessing import StandardScaler
from sklearn.discriminant_analysis import LinearDiscriminantAnalysis


iris = datasets.load_iris()
X = iris.data
y = iris.target
#In general it is a good idea to scale the data
scaler = StandardScaler()
scaler.fit(X)
X=scaler.transform(X)

lda = LinearDiscriminantAnalysis()
lda.fit(X,y)
x_new = lda.transform(X)   

Verifique que lda.scalings_ son los vectores propios:

print(lda.scalings_)
print(lda.transform(np.identity(4)))

[[-0.67614337  0.0271192 ]
 [-0.66890811  0.93115101]
 [ 3.84228173 -1.63586613]
 [ 2.17067434  2.13428251]]

[[-0.67614337  0.0271192 ]
 [-0.66890811  0.93115101]
 [ 3.84228173 -1.63586613]
 [ 2.17067434  2.13428251]]

Además, aquí hay una función útil para trazar el biplot y verificar visualmente:

def myplot(score,coeff,labels=None):
    xs = score[:,0]
    ys = score[:,1]
    n = coeff.shape[0]

    plt.scatter(xs ,ys, c = y) #without scaling
    for i in range(n):
        plt.arrow(0, 0, coeff[i,0], coeff[i,1],color = ''r'',alpha = 0.5)
        if labels is None:
            plt.text(coeff[i,0]* 1.15, coeff[i,1] * 1.15, "Var"+str(i+1), color = ''g'', ha = ''center'', va = ''center'')
        else:
            plt.text(coeff[i,0]* 1.15, coeff[i,1] * 1.15, labels[i], color = ''g'', ha = ''center'', va = ''center'')

plt.xlabel("LD{}".format(1))
plt.ylabel("LD{}".format(2))
plt.grid()

#Call the function. 
myplot(x_new[:,0:2], lda.scalings_) 
plt.show()

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