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R Studio 1.1.456(Windows): ¿Por qué a veces tengo que instalar paquetes binarios en lugar de instalar desde la fuente?

Question

Estoy haciendo esta pregunta porque recientemente resolví un problema al instalar R Shiny (ver más abajo). Sin embargo, las respuestas que encuentro no se expanden en detalle sobre por qué ocurre este problema y realmente quiero entender para mejorar mi conocimiento de R y por qué suceden estas cosas.

Así que mi intento de instalar Shiny en RStudio falló y creo que estos son los mensajes de error importantes:

 Error in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]) :
namespace ''httpuv'' 1.3.3 is being loaded, but >= 1.4.3 is required
ERROR: lazy loading failed for package ''shiny''
* removing ''C:/Program Files/R/R-3.2.2/library/shiny''
* restoring previous ''C:/Program Files/R/R-3.2.2/library/shiny''
Warning in install.packages :
running command ''"C:/PROGRA~1/R/R-32~1.2/bin/x64/R" CMD INSTALL -l "C:/Program Files/R/R-3.2.2/library" C:/Users/Sam/AppData/Local/Temp/RtmpuI3XHe/downloaded_packages/shiny_1.1.0.tar.gz'' had status 1
Warning in install.packages :
installation of package ‘shiny’ had non-zero exit status

Pasé por los procesos habituales primero para encontrar una solución.

• Revisé mi RStudio estaba al día
• Comprobado e instalado actualizaciones de paquetes

Entre las soluciones adicionales que probé estaban:

• Descargando el paquete directamente desde la interfaz de R Studio
• Usando devtools para instalar Shiny desde Github
• Usando install.packages("shiny", dependencies=TRUE) .

Ninguna de estas soluciones funcionó y creo que tiene que ver con la dependencia httpuv, pero no estoy seguro de por qué.

Así que al final, el código que pude usar es: install.packages(''shiny'', type = "binary") y esto me permitió comenzar a usar Shiny.

Si bien no fue demasiado difícil para mí encontrar una solución para este problema, realmente agradecería que alguien se tomara un tiempo del día para explicar por qué mi versión de RStudio en Windows (versión 1.1.456) no es compatible con paquete fuente de Shiny y por qué la instalación del paquete binario funciona. Odio arreglar un problema pero tener un entendimiento nulo.

R versión 3.2.2

Gracias.

Answer 1

Opciones de código binario versus código fuente y problema

Está experimentando la fricción de empujar y tirar entre el código antiguo y el nuevo y las dependencias del entorno R. La realidad aquí es que tienes que elegir entre estabilidad y progreso. Es difícil tener ambos.

Considerar:

• Está ejecutando la versión R 3.2.2 en formato binario, la versión R se lanzó el 15 de agosto de 2015. Sin embargo, está intentando instalar la última versión del código fuente de Shiny.

  • Hay un delta de 3 años entre la versión del código fuente del paquete y la versión R que está utilizando. El código del paquete y el código fuente del entorno R han evolucionado.

  • Se han producido muchos cambios entre entonces y ahora en el entorno de compilación y código fuente.

Piénsalo de esta manera.

• La imagen del paquete binario es una instantánea de los supuestos del entorno de código fuente y compilación en el momento de la compilación. Si descarga la imagen del código fuente actual, está utilizando una instantánea del entorno de código actual ( Ahora ) que incluye literalmente miles de pequeños cambios incrementales en las suposiciones y dependencias en los archivos de código fuente y el entorno de compilación. Si te fijas en la brillante descripción del paquete, anota:

  • Shiny depende de httpuv que depende de Rcpp

  • httpuv está construido sobre las libuv y http-parser C.

    • Para que httpuv se compile desde la fuente, deberá hacer coincidir el Entorno R, las bibliotecas dependientes y las dependencias de la fuente manualmente . Ninguna hazaña pequeña.

  • En este punto, para compilar los paquetes anteriores a partir del código fuente (github) es probable que esté utilizando Devtools que si lo descarga en formato binario se compiló en R versión 3.2.5.

Los cambios, las suposiciones y las interdependencias crean una situación compleja de compilación de backport. Por lo tanto, la ventaja de las instantáneas de paquetes binarios.

Opciones:

En esta situación, generalmente tiene dos opciones. Tu también puedes:

1. Descargue una versión de origen que sea antigua que coincida con su versión R y su entorno.

   • La desventaja de este enfoque es que no puede acceder a las características del paquete actual.
   • La ventaja es que el paquete y el entorno R coinciden con el contexto histórico.

2. Actualizar a un entorno R actual

   • La desventaja de este enfoque es que tienes que rodar con las versiones R
   • La ventaja es que puede obtener acceso a las últimas características del paquete disponibles en el código fuente actual.

Opciones de solución:

¿Cómo hacer lo anterior? En el primer caso, puede usar devtools::install_git y extraer la fuente de una rama o versión particular de un paquete y compilarlo. En el segundo, puede actualizar su entorno y luego extraer y actualizar sus paquetes.

Si desea trabajar con una versión particular del entorno R, debe utilizar las versiones binarias. ¿Por qué? Estos coincidirán con las suposiciones del entorno de codificación de la versión del entorno R

Este es un problema clásico que resalta el impulso entre el código actual y el código antiguo. Tienes que elegir entre estabilidad y progreso. Es difícil tener ambos.

Espero que lo anterior ayude a explicar la situación.